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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z9q | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication reception conformation | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
![]() | Xue, L. / Chang, T. / Li, Z. / Zhao, H. / Li, M. / He, J. / Chen, X. / Xiong, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of Thogoto virus polymerase reveal unique RNA transcription and replication mechanisms among orthomyxoviruses. 著者: Lu Xue / Tiancai Chang / Zimu Li / Chenchen Wang / Heyu Zhao / Mei Li / Peng Tang / Xin Wen / Mengmeng Yu / Jiqin Wu / Xichen Bao / Xiaojun Wang / Peng Gong / Jun He / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong / ![]() 要旨: Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV ...Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV transcribes mRNA without the extraneous 5' end sequences derived from cap-snatching in influenza virus mRNA. Here, we report cryo-EM structures to characterize THOV polymerase RNA synthesis initiation and elongation. The structures demonstrate that THOV RNA transcription and replication are able to start with short dinucleotide primers and that the polymerase cap-snatching machinery is likely non-functional. Triggered by RNA synthesis, asymmetric THOV polymerase dimers can form without the involvement of host factors. We confirm that, distinctive from influenza viruses, THOV-polymerase RNA synthesis is weakly dependent of the host factors ANP32A/B/E in human cells. This study demonstrates varied mechanisms in RNA synthesis and host factor utilization among orthomyxoviruses, providing insights into the mechanisms behind thogotoviruses' broad-infectivity range. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 237.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39867MC ![]() 8z85C ![]() 8z8jC ![]() 8z8nC ![]() 8z8xC ![]() 8z90C ![]() 8z97C ![]() 8z98C ![]() 8z9hC ![]() 8z9rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71623.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 3 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P27194 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 81432.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O41353, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 94418.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9YNA4 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 3375.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication reception conformation タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 592143 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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