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万見
- PDB-8ynz: The structure of EfpA_BRD-8000.3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ynz
タイトルThe structure of EfpA_BRD-8000.3 complex
要素Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Li, D.L. / Sun, J.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272379 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and function of EfpA as a lipid transporter and its inhibition by BRD-8000.3.
著者: Delin Li / Xiaokang Zhang / Yuanhang Yao / Xue Sun / Junqing Sun / Xiaomin Ma / Kai Yuan / Guijie Bai / Xuefei Pang / Rongmao Hua / Tianling Guo / Yuqian Mi / Lingzhi Wu / Jie Zhang / Yan Wu ...著者: Delin Li / Xiaokang Zhang / Yuanhang Yao / Xue Sun / Junqing Sun / Xiaomin Ma / Kai Yuan / Guijie Bai / Xuefei Pang / Rongmao Hua / Tianling Guo / Yuqian Mi / Lingzhi Wu / Jie Zhang / Yan Wu / Yingxia Liu / Peiyi Wang / Catherine C L Wong / Xiao-Wei Chen / Haixia Xiao / George Fu Gao / Feng Gao /
要旨: EfpA, the first major facilitator superfamily (MFS) protein identified in (Mtb), is an essential efflux pump implicated in resistance to multiple drugs. EfpA-inhibitors have been developed to kill ...EfpA, the first major facilitator superfamily (MFS) protein identified in (Mtb), is an essential efflux pump implicated in resistance to multiple drugs. EfpA-inhibitors have been developed to kill drug-tolerant Mtb. However, the biological function of EfpA has not yet been elucidated. Here, we present the cryo-EM structures of EfpA complexed with lipids or the inhibitor BRD-8000.3 at resolutions of 2.9 Å and 3.4 Å, respectively. Unexpectedly, EfpA forms an antiparallel dimer. Functional studies reveal that EfpA is a lipid transporter and BRD-8000.3 inhibits its lipid transport activity. Intriguingly, the mutation V319F, known to confer resistance to BRD-8000.3, alters the expression level and oligomeric state of EfpA. Based on our results and the observation of other antiparallel dimers in the MFS family, we propose an antiparallel-function model of EfpA. Collectively, our work provides structural and functional insights into EfpA's role in lipid transport and drug resistance, which would accelerate the development of antibiotics against this promising drug target.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
B: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1454
ポリマ－119,3432
非ポリマー8032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized MFS-type transporter EfpA / Efflux protein A


分子量: 59671.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: efpA, Rv2846c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P9WJY5
#2: 化合物 ChemComp-A1AQR / (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide


分子量: 401.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21BrN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EfpA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.001 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180121 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037076
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5479650
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.341020
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371188
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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