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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yf5 | ||||||
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タイトル | Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / transcription termination / RNA polymerase II | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II C-terminal domain binding / DNA-templated transcription termination ...mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II C-terminal domain binding / DNA-templated transcription termination / mRNA processing / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / nucleotide binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Komagataella phaffii (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å | ||||||
データ登録者 | Yanagisawa, T. / Murayama, Y. / Ehara, H. / Sekine, S.I. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of eukaryotic transcription termination by the Rat1 exonuclease complex. 著者: Tatsuo Yanagisawa / Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mie Goto / Mari Aoki / Shun-Ichi Sekine / 要旨: The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a ...The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a "torpedo" to bind transcribing RNAPII and dissociate DNA/RNA from it. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the Rat1-Rai1-Rtt103 complex and three Rat1-Rai1-associated RNAPII complexes (type-1, type-1b, and type-2) from the yeast, Komagataella phaffii. The Rat1-Rai1-Rtt103 structure revealed that Rat1 and Rai1 form a heterotetramer with a single Rtt103 bound between two Rai1 molecules. In the type-1 complex, Rat1-Rai1 forms a heterodimer and binds to the RNA exit site of RNAPII to extract RNA into the Rat1 exonuclease active site. This interaction changes the RNA path in favor of termination (the "pre-termination" state). The type-1b and type-2 complexes have no bound DNA/RNA, likely representing the "post-termination" states. These structures illustrate the termination mechanism of eukaryotic mRNA transcription. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yf5.cif.gz | 426.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yf5.ent.gz | 336.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yf5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yf5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yf5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yf5_validation.xml.gz | 66.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yf5_validation.cif.gz | 102.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yf5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 115314.461 Da / 分子数: 2 / 変異: D233A, D235A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RAT1, PP7435_Chr3-0338 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: F2QV79, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 44595.996 Da / 分子数: 2 / 変異: E213A, D215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RAI1, PP7435_Chr1-1057 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) 参照: UniProt: F2QLF5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #3: タンパク質 | | 分子量: 42272.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RTT103, PP7435_Chr1-0928 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QNA8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii (菌類) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: EMGP2 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 61.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77924 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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