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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yb6 | ||||||
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タイトル | Type I-EHNH Cascade complex | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA pro / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
![]() | Li, Z. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems 著者: Li, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 684.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 557.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 153.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39110MC ![]() 8ydbC ![]() 8yeoC ![]() 8yh9C ![]() 8yhaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-CRISPR system Cascade subunit ... , 2種, 7分子 ADEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 43621.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: casD, BWX75_00750 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 41794.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: casC, BWX75_00749 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-CRISPR-associated protein ... , 2種, 2分子 JK
#5: タンパク質 | 分子量: 60665.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BWX75_00747 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 20300.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BWX75_00748 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 4分子 BC![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#2: タンパク質 | 分子量: 31218.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cse3, BWX75_00751 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1V6F8C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 19681.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#7: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type I-EHNH Cascade complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 291872 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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