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- PDB-8yb4: Pfr conformer of Arabidopsis thaliana phytochrome B in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yb4
タイトルPfr conformer of Arabidopsis thaliana phytochrome B in complex with phytochrome-interacting factor 6
要素
  • phytochrome B
  • phytochrome-interacting factor 6
キーワードGENE REGULATION / phytochrome / phytochrome interaction factor / signal complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / hydrogen peroxide mediated signaling pathway / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / red or far-red light signaling pathway / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation ...abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / hydrogen peroxide mediated signaling pathway / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / red or far-red light signaling pathway / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of defense response / photosynthetic acclimation / red or far-red light photoreceptor activity / regulation of photoperiodism, flowering / stomatal complex development / gravitropism / phototropism / regulation of seed germination / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to far red light / photomorphogenesis / entrainment of circadian clock / response to salt / detection of visible light / response to abscisic acid / response to temperature stimulus / phosphorelay sensor kinase activity / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / promoter-specific chromatin binding / response to heat / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / defense response to bacterium / nuclear speck / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor PIF3-like / : / Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 ...Transcription factor PIF3-like / : / Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6E / Phytochrome B / Transcription factor PIF6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, Z. / Wang, W. / Zhao, D. / Song, Y. / Xu, B. / Zhao, J. / Wang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271253 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Light-induced remodeling of phytochrome B enables signal transduction by phytochrome-interacting factor.
著者: Zhengdong Wang / Wenfeng Wang / Didi Zhao / Yanping Song / Xiaoli Lin / Meng Shen / Cheng Chi / Bin Xu / Jun Zhao / Xing Wang Deng / Jizong Wang /
要旨: Phytochrome B (phyB) and phytochrome-interacting factors (PIFs) constitute a well-established signaling module critical for plants adapting to ambient light. However, mechanisms underlying phyB ...Phytochrome B (phyB) and phytochrome-interacting factors (PIFs) constitute a well-established signaling module critical for plants adapting to ambient light. However, mechanisms underlying phyB photoactivation and PIF binding for signal transduction remain elusive. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the photoactivated phyB or the constitutively active phyB mutant in complex with PIF6, revealing a similar trimer. The light-induced configuration switch of the chromophore drives a conformational transition of the nearby tongue signature within the phytochrome-specific (PHY) domain of phyB. The resulting α-helical PHY tongue further disrupts the head-to-tail dimer of phyB in the dark-adapted state. These structural remodelings of phyB facilitate the induced-fit recognition of PIF6, consequently stabilizing the N-terminal extension domain and a head-to-head dimer of activated phyB. Interestingly, the phyB dimer exhibits slight asymmetry, resulting in the binding of only one PIF6 molecule. Overall, our findings solve a key question with respect to how light-induced remodeling of phyB enables PIF signaling in phytochrome research.
履歴
登録2024年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: phytochrome B
A: phytochrome B
C: phytochrome-interacting factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,6305
ポリマ－271,4573
非ポリマー1,1732
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 phytochrome B / Protein LONG HYPOCOTYL 3 / Protein OUT OF PHASE 1


分子量: 129884.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHYB, HY3, OOP1, At2g18790, MSF3.17
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14713
#2: タンパク質 phytochrome-interacting factor 6 / PIF6 / Transcription factor PIF6 / Basic helix-loop-helix protein 132 / AtbHLH132 / bHLH 132 / ...PIF6 / Transcription factor PIF6 / Basic helix-loop-helix protein 132 / AtbHLH132 / bHLH 132 / Phytochrome interacting factor 3-like 2 / Transcription factor EN 111 / bHLH transcription factor bHLH132


分子量: 11688.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PIF6, BHLH132, EN111, PIL2, At3g62090, T17J13.50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8L5W7
#3: 化合物 ChemComp-O6E / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of AtphyB-Pfr homodimer with AtPIF6COMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2complex of AtphyB-Pfr homodimerCOMPLEX#11RECOMBINANT
3PIF6 monomerCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.26 MDaYES
210.25 MDaYES
310.12 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
32Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mmol/LtrisC4H11NO31
2150 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
32 mL/100mLglycerolC3H8O31
42 mmol/LdithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.41 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.2粒子像選択
2EPU2.14画像取得
4cryoSPARC4.1.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7.1モデルフィッティング
8Coot0.9.8.7モデルフィッティング
10RELION4.0.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
12RELION4.0.0分類
13cryoSPARC4.1.2３次元再構成
20PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 325483 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-ID
1AF-P14713-F1A49-6261
2AF-P14713-F1B100-6261
3AF-Q8L5W7-F1C15-672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028607
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56511646
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5151194
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391300
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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