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- PDB-8xw5: Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT mutant L60C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xw5
タイトルCryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT mutant L60C
要素Aspartate/alanine antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / amino acid / antiporter / elevator mechanism
機能・相同性YidE/YbjL duplication / Aspartate-alanine antiporter / Predicted Permease Membrane Region / : / antiporter activity / identical protein binding / plasma membrane / Aspartate/alanine antiporter
機能・相同性情報
生物種Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. ...Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / Inaba, K. / Mitsuoka, K. / Guan, L. / Abe, K. / Yamamoto, M. / Koshiba, S.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07653 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121019 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121038 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of the aspartate:alanine antiporter AspT from Tetragenococcus halophilus
著者: Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / ...著者: Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / Inaba, K. / Mitsuoka, K. / Guan, L. / Abe, K. / Yamamoto, M. / Koshiba, S.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate/alanine antiporter
B: Aspartate/alanine antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2982
ポリマ－114,2982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Aspartate/alanine antiporter


分子量: 57148.918 Da / 分子数: 2 / 変異: L60C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
株: D10 / 遺伝子: aspT / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8L3K8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: aspartate:alanine antiporter AspT mutant - L60C / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.0579 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetragenococcus halophilus (バクテリア) / 株: D10
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidMES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.003 %Lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 6.14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION4.0.0CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1634276
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250605 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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