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万見
- PDB-8xtq: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xtq
タイトルComamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 1S state
要素RNA (808-MER)
キーワードRNA / CryoEM / Ribozyme
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Wang, L. / Xie, J.H. / Zhang, C. / Zou, J. / Huang, Z.R. / Shang, S.T. / Chen, X.Y. / Yang, Y. / Liu, J. / Dong, H.H. ...Wang, L. / Xie, J.H. / Zhang, C. / Zou, J. / Huang, Z.R. / Shang, S.T. / Chen, X.Y. / Yang, Y. / Liu, J. / Dong, H.H. / Huang, D.M. / Su, Z.M.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of circularly permuted group II intron self-splicing.
著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Chong Zhang / Jian Zou / Zirui Huang / Sitong Shang / Xingyu Chen / Yang Yang / Jianquan Liu / Haohao Dong / Dingming Huang / Zhaoming Su /
要旨: Circularly permuted group II introns (CP introns) consist of rearranged structural domains separated by two tethered exons, generating branched introns and circular exons via back-splicing. ...Circularly permuted group II introns (CP introns) consist of rearranged structural domains separated by two tethered exons, generating branched introns and circular exons via back-splicing. Structural and mechanistic understanding of circular RNA (circRNA) generation by CP introns remains elusive. We resolve cryo-electron microscopy structures of a natural CP intron in different states during back-splicing at a resolution of 2.5-2.9 Å. Domain 6 (D6) undergoes a conformational change of 65° after branching, to facilitate 3'-exon recognition and circularization. Previously unseen tertiary interactions compact the catalytic triad and D6 for splicing without protein, whereas a metal ion, M, is observed to stabilize the 5'-exon during splicing. While these unique features were not observed in canonical group II introns and spliceosomes, they are common in CP introns, as demonstrated by the cryo-EM structure of another CP intron discovered by comparative genomics analysis. Our results elucidate the mechanism of CP intron back-splicing dynamics, with potential applications in circRNA research and therapeutics.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (808-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,30038
ポリマ－262,3271
非ポリマー97337
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (808-MER)


分子量: 262327.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 2637094706
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 1S state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46777 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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