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- PDB-8xrp: The Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xrp
タイトルThe Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and receptor subunit beta-2 complex
要素
  • (Interleukin-12 receptor subunit beta- ...) x 2
  • (Interleukin-12 subunit ...) x 2
キーワードCYTOKINE / IL-12 / IL-12RB1 / IL-12RB2 / receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 binding / interleukin-12 beta subunit binding / late endosome lumen / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...interleukin-27 binding / interleukin-12 beta subunit binding / late endosome lumen / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-23-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / interleukin-12 receptor complex / positive regulation of memory T cell differentiation / T-helper cell differentiation / interleukin-23 receptor complex / natural killer cell activation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / interleukin-12-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / response to UV-B / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / positive regulation of defense response to virus by host / coreceptor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / cytokine activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain ...Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit alpha / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / Interleukin-12 receptor subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Chen, H.Q. / Wang, X.Q. / Ge, X.F. / Zeng, J.W. / Wang, J.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure and assembly of the human IL-12 signaling complex.
著者: Huiqin Chen / Xiaofei Ge / Chun Li / Jianwei Zeng / Xinquan Wang /
要旨: Interleukin (IL)-12 is a heterodimeric pro-inflammatory cytokine. Our cryoelectron microscopy structure determination of human IL-12 in complex with IL-12Rβ1 and IL-12Rβ2 at a resolution of 3. ...Interleukin (IL)-12 is a heterodimeric pro-inflammatory cytokine. Our cryoelectron microscopy structure determination of human IL-12 in complex with IL-12Rβ1 and IL-12Rβ2 at a resolution of 3.75 Å reveals that IL-12Rβ2 primarily interacts with the IL-12p35 subunit via its N-terminal Ig-like domain, while IL-12Rβ1 binds to the p40 subunit with its N-terminal fibronectin III domain. This binding mode of IL-12 with its receptors is similar to that of IL-23 but shows notable differences with other cytokines. Through structural information and biochemical assays, we identified Y62, Y189, and K192 as key residues in IL-12p35, which bind to IL-12Rβ2 with high affinity and mediate IL-12 signal transduction. Furthermore, structural comparisons reveal two distinctive conformational states and structural plasticity of the heterodimeric interface in IL-12. As a result, our study advances our understanding of IL-12 signal initiation and opens up new opportunities for the engineering and therapeutic targeting of IL-12.
履歴
登録2024年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22024年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit alpha
B: Interleukin-12 subunit beta
C: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
D: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
E: Interleukin-12 subunit alpha
F: Interleukin-12 subunit beta
G: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
H: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
I: Interleukin-12 subunit alpha
J: Interleukin-12 subunit beta
K: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
L: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
M: Interleukin-12 subunit alpha
N: Interleukin-12 subunit beta
O: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
P: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,82632
ポリマ－471,82616
非ポリマー5,00116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Interleukin-12 subunit ... , 2種, 8分子 AEIMBFJN

#1: タンパク質
Interleukin-12 subunit alpha / IL-12A / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 35 kDa subunit / CLMF p35 / IL-12 subunit p35 / NK ...IL-12A / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 35 kDa subunit / CLMF p35 / IL-12 subunit p35 / NK cell stimulatory factor chain 1 / NKSF1


分子量: 23781.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Interleukin-12 subunit alpha / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12A, NKSF1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P29459
#2: タンパク質
Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 34811.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Interleukin-12 subunit beta / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P29460

-
Interleukin-12 receptor subunit beta- ... , 2種, 8分子 CGKODHLP

#3: タンパク質
Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / IL-12 receptor subunit beta-2 / IL-12R subunit beta-2 / IL-12R-beta-2 / IL-12RB2


分子量: 34627.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12RB2
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q99665
#4: タンパク質
Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12RB1 / IL-12 receptor ...IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12RB1 / IL-12 receptor beta component


分子量: 24736.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12RB1, IL12R, IL12RB
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P42701

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糖 , 2種, 16分子

#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and receptor subunit beta-2 complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.485 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris-HCl pH 8.0,150mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris-HClTris-HCl1
2150 mMNaClNaCl1
試料濃度: 1.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4547423
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423691 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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