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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xq7 | ||||||
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タイトル | Structure of the sea urchin spSLC9C1 in state-1 w/ cAMP dimer | ||||||
要素 | Sperm-specific sodium proton exchanger | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Sodium-hydrogen exchanger | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:proton antiporter activity / sperm head / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling ...potassium:proton antiporter activity / sperm head / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling / regulation of intracellular pH / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Qu, H. / Zheng, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Insight / 年: 2024 タイトル: Structures of a sperm-specific sodium-hydrogen exchanger. 著者: Hongyuan Qu / Yi Zhen / Mohan Xu / Yan Huang / Yashu Wang / Gaoyuan Ji / Yuyu Zhang / Haitao Li / Zigang Dong / Xiangdong Zheng / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xq7.cif.gz | 419.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xq7.ent.gz | 329.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xq7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xq7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xq7_validation.xml.gz | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xq7_validation.cif.gz | 91.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xq7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38568MC 8xpqC 8xq4C 8xq8C 8xq9C 8xqaC 8xq5 8xq6 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133031.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3RL54 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: solute carrier 9C1 dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125603 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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