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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xnh | ||||||
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タイトル | Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8 | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Henipavirus / Fusion glycoprotein / Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Henipavirus nipahense (ウイルス) Macaca (オナガザル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, P.F. / Ren, Y. / Yu, C.M. / Chen, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6 著者: Fan, P.F. / Yu, C.M. / Chen, W. / Ren, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xnh.cif.gz | 395.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xnh.ent.gz | 320.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xnh_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xnh_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xnh_validation.xml.gz | 68.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xnh_validation.cif.gz | 105.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xnh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38504MC 8xn9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55073.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH63 #2: 抗体 | 分子量: 14003.510 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 14331.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.015 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.91 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 462582 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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