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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xfb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Cryo-EM / Vesicle Trafficking / Neural Development | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle tethering to Golgi / head development / regulation of smoothened signaling pathway / axoneme / RHOH GTPase cycle / cilium assembly / ciliary basal body / intracellular protein transport / trans-Golgi network / multicellular organism growth ...vesicle tethering to Golgi / head development / regulation of smoothened signaling pathway / axoneme / RHOH GTPase cycle / cilium assembly / ciliary basal body / intracellular protein transport / trans-Golgi network / multicellular organism growth / microtubule cytoskeleton / heart development / cytoplasmic vesicle / lysosomal membrane / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Jia, G.W. / Deng, Q.H. / Su, Z.M. / Jia, D. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: The WDR11 complex is a receptor for acidic-cluster-containing cargo proteins. 著者: Huaqing Deng / Guowen Jia / Ping Li / Yingying Tang / Lin Zhao / Qin Yang / Jia Zhao / Jinrui Wang / Yingfeng Tu / Xin Yong / Sitao Zhang / Xianming Mo / Daniel D Billadeau / Zhaoming Su / Da Jia / 要旨: Vesicle trafficking is a fundamental process that allows for the sorting and transport of specific proteins (i.e., "cargoes") to different compartments of eukaryotic cells. Cargo recognition ...Vesicle trafficking is a fundamental process that allows for the sorting and transport of specific proteins (i.e., "cargoes") to different compartments of eukaryotic cells. Cargo recognition primarily occurs through coats and the associated proteins at the donor membrane. However, it remains unclear whether cargoes can also be selected at other stages of vesicle trafficking to further enhance the fidelity of the process. The WDR11-FAM91A1 complex functions downstream of the clathrin-associated AP-1 complex to facilitate protein transport from endosomes to the TGN. Here, we report the cryo-EM structure of human WDR11-FAM91A1 complex. WDR11 directly and specifically recognizes a subset of acidic clusters, which we term super acidic clusters (SACs). WDR11 complex assembly and its binding to SAC-containing proteins are indispensable for the trafficking of SAC-containing proteins and proper neuronal development in zebrafish. Our studies thus uncover that cargo proteins could be recognized in a sequence-specific manner downstream of a protein coat. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xfb.cif.gz | 302.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xfb.ent.gz | 222.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xfb_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xfb_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xfb_validation.xml.gz | 57.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xfb_validation.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38300MC 8z9mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136843.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR11 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BZH6 #2: タンパク質 | | 分子量: 95253.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM91A1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q658Y4 Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35698 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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