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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xbs | ||||||
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タイトル | C. elegans apo-SID1 structure | ||||||
要素 | Systemic RNA interference defective protein 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / dsRNA recognition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA transmembrane transporter activity / dsRNA transport / RNA transport / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / double-stranded RNA binding / lysosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, D.S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Structural basis for double-stranded RNA recognition by SID1. 著者: Runhao Wang / Ye Cong / Dandan Qian / Chuangye Yan / Deshun Gong / 要旨: The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for ...The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for double-stranded (ds) RNA recognition by SID1 family remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of Caenorhabditis elegans (c) SID1 alone and in complex with dsRNA, both at a resolution of 2.2 Å. The dimeric cSID1 interacts with two dsRNA molecules simultaneously. The dsRNA is located at the interface between β-strand rich domain (BRD)1 and BRD2 and nearly parallel to the membrane plane. In addition to extensive ionic interactions between basic residues and phosphate backbone, several hydrogen bonds are formed between 2'-hydroxyl group of dsRNA and the contact residues. Additionally, the electrostatic potential surface shows three basic regions are fitted perfectly into three major grooves of dsRNA. These structural characteristics enable cSID1 to bind dsRNA in a sequence-independent manner and to distinguish between DNA and RNA. The cSID1 exhibits no conformational changes upon binding dsRNA, with the exception of a few binding surfaces. Structural mapping of dozens of loss-of-function mutations allows potential interpretation of their diverse functional mechanisms. Our study marks an important step toward mechanistic understanding of the SID1 family-mediated dsRNA uptake. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xbs.cif.gz | 276 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xbs.ent.gz | 219.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xbs_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xbs_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xbs_validation.xml.gz | 53.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xbs_validation.cif.gz | 76.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xbs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38227MC 8xc1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 90081.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sid-1, rde-7, rsd-8, C04F5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZC8 |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 12分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CLR / #5: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: dimer of sid1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 762464 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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