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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xbg | ||||||
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タイトル | Human GPR34 -Gi complex bound to S3E-LysoPS, receptor focused | ||||||
![]() | Probable G-protein coupled receptor 34 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / GPCR | ||||||
機能・相同性 | ![]() G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | ||||||
![]() | Kawahara, R. / Shihoya, W. / Nureki, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for lysophosphatidylserine recognition by GPR34. 著者: Tamaki Izume / Ryo Kawahara / Akiharu Uwamizu / Luying Chen / Shun Yaginuma / Jumpei Omi / Hiroki Kawana / Fengjue Hou / Fumiya K Sano / Tatsuki Tanaka / Kazuhiro Kobayashi / Hiroyuki H ...著者: Tamaki Izume / Ryo Kawahara / Akiharu Uwamizu / Luying Chen / Shun Yaginuma / Jumpei Omi / Hiroki Kawana / Fengjue Hou / Fumiya K Sano / Tatsuki Tanaka / Kazuhiro Kobayashi / Hiroyuki H Okamoto / Yoshiaki Kise / Tomohiko Ohwada / Junken Aoki / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / ![]() 要旨: GPR34 is a recently identified G-protein coupled receptor, which has an immunomodulatory role and recognizes lysophosphatidylserine (LysoPS) as a putative ligand. Here, we report cryo-electron ...GPR34 is a recently identified G-protein coupled receptor, which has an immunomodulatory role and recognizes lysophosphatidylserine (LysoPS) as a putative ligand. Here, we report cryo-electron microscopy structures of human GPR34-G complex bound with one of two ligands bound: either the LysoPS analogue S3E-LysoPS, or M1, a derivative of S3E-LysoPS in which oleic acid is substituted with a metabolically stable aromatic fatty acid surrogate. The ligand-binding pocket is laterally open toward the membrane, allowing lateral entry of lipidic agonists into the cavity. The amine and carboxylate groups of the serine moiety are recognized by the charged residue cluster. The acyl chain of S3E-LysoPS is bent and fits into the L-shaped hydrophobic pocket in TM4-5 gap, and the aromatic fatty acid surrogate of M1 fits more appropriately. Molecular dynamics simulations further account for the LysoPS-regioselectivity of GPR34. Thus, using a series of structural and physiological experiments, we provide evidence that chemically unstable 2-acyl LysoPS is the physiological ligand for GPR34. Overall, we anticipate the present structures will pave the way for development of novel anticancer drugs that specifically target GPR34. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45702.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UPC5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-KW0 / ( 分子量: 551.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human GPR34-Gi complex bound to S3E-LysoPS, receptor focused タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79925 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.43→3.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.809 / SU B: 16.774 / SU ML: 0.274 / ESU R: 0.261 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 142.074 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 2603 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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