[日本語] English
万見
- PDB-8xb8: The structure of ASFV A137R -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xb8
タイトルThe structure of ASFV A137R
要素A137R
キーワードVIRAL PROTEIN / dodecahedron / African swine fever virus / polymer
機能・相同性A137R
機能・相同性情報
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, C. / Song, H. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: African swine fever virus A137R assembles into a dodecahedron cage.
著者: Changyao Li / Mingzhu Jia / Tianjiao Hao / Qi Peng / Ruchao Peng / Yan Chai / Yi Shi / Hao Song / George F Gao /
要旨: African swine fever (ASF) is a highly contagious viral disease that affects domestic and wild pigs. The causative agent of ASF is African swine fever virus (ASFV), a large double-stranded DNA virus ...African swine fever (ASF) is a highly contagious viral disease that affects domestic and wild pigs. The causative agent of ASF is African swine fever virus (ASFV), a large double-stranded DNA virus with a complex virion structure. Among the various proteins encoded by ASFV, A137R is a crucial structural protein associated with its virulence. However, the structure and molecular mechanisms underlying the functions of A137R remain largely unknown. In this study, we present the structure of A137R determined by cryogenic electron microscopy single-particle reconstruction, which reveals that A137R self-oligomerizes to form a dodecahedron-shaped cage composed of 60 polymers. The dodecahedron is literally equivalent to a 1 icosahedron where the icosahedral vertexes are located in the center of each dodecahedral facet. Within each facet, five A137R protomers are arranged in a head-to-tail orientation with a long N-terminal helix forming the edge through which adjacent facets stitch together to form the dodecahedral cage. Combining structural analysis and biochemical evidence, we demonstrate that the N-terminal domain of A137R is crucial and sufficient for mediating the assembly of the dodecahedron. These findings imply the role of A137R cage as a core component in the icosahedral ASFV virion and suggest a promising molecular scaffold for nanotechnology applications.
IMPORTANCE: African swine fever (ASF) is a lethal viral disease of pigs caused by African swine fever virus (ASFV). No commercial vaccines and antiviral treatments are available for the prevention ...IMPORTANCE: African swine fever (ASF) is a lethal viral disease of pigs caused by African swine fever virus (ASFV). No commercial vaccines and antiviral treatments are available for the prevention and control of the disease. A137R is a structural protein of ASFV that is associated with its virulence. The discovery of the dodecahedron-shaped cage structure of A137R in this study is of great importance in understanding ASFV pathogenicity. This finding sheds light on the molecular mechanisms underlying the functions of A137R. Furthermore, the dodecahedral cage formed by A137R shows promise as a molecular scaffold for nanoparticle vectors. Overall, this study provides valuable insights into the structure and function of A137R, contributing to our understanding of ASFV and potentially opening up new avenues for the development of vaccines or treatments for ASF.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: A137R
B: A137R
C: A137R
D: A137R
E: A137R
F: A137R
G: A137R
H: A137R
I: A137R
J: A137R
K: A137R
L: A137R
M: A137R
N: A137R
O: A137R
P: A137R
Q: A137R
R: A137R
S: A137R
T: A137R
U: A137R
V: A137R
W: A137R
X: A137R
Y: A137R
Z: A137R
a: A137R
b: A137R
c: A137R
d: A137R
e: A137R
f: A137R
g: A137R
h: A137R
i: A137R
j: A137R
k: A137R
l: A137R
m: A137R
n: A137R
o: A137R
p: A137R
q: A137R
r: A137R
s: A137R
t: A137R
u: A137R
v: A137R
w: A137R
x: A137R
y: A137R
z: A137R
0: A137R
1: A137R
2: A137R
3: A137R
4: A137R
5: A137R
6: A137R
7: A137R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)966,87360
ポリマ－966,87360
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area151250 Å2
ΔGint-1331 kcal/mol
Surface area269340 Å2

-
要素

#1: タンパク質 ...
A137R / ASFV A137R


分子量: 16114.550 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: A137R CDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0THQ0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The structure of ASFV A137R / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130876 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00351720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.569720
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.10119380
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0457500
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0038820

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る