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万見
- PDB-8x7f: CryoEM structure of the trifunctional NAD biosynthesis/regulator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x7f
タイトルCryoEM structure of the trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR in complex with NAD
要素Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
キーワードCELL INVASION / the trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkaline pH / adenylyltransferase complex / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / cellular response to metal ion / NAD+ biosynthetic process / catalytic complex / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...response to alkaline pH / adenylyltransferase complex / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / cellular response to metal ion / NAD+ biosynthetic process / catalytic complex / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / NAD biosynthesis/regulator protein NadR / NadR/Ttd14, AAA domain / NadR, nicotinamide/nicotinate mononucleotide adenylyltransferase domain / AAA domain / Helix-turn-helix / Cytidyltransferase-like domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. ...: / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / NAD biosynthesis/regulator protein NadR / NadR/Ttd14, AAA domain / NadR, nicotinamide/nicotinate mononucleotide adenylyltransferase domain / AAA domain / Helix-turn-helix / Cytidyltransferase-like domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Jiang, W.X. / Dong, X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR in complex with NAD
著者: Jiang, W.X. / Dong, X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q.
履歴
登録2023年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
D: Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
G: Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
J: Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,60812
ポリマ－161,5744
非ポリマー3,0348
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR


分子量: 40393.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nadR, nadI, b4390, JW5800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P27278, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase, ribosylnicotinamide kinase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR in complex with NAD
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 484976 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.79 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002511896
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.506516140
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04361704
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00442072
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.98411568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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