PDB-8x6x: Structure of the multidrug efflux pump EfpA from M. tuberculosis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x6x

タイトル

Structure of the multidrug efflux pump EfpA from M. tuberculosis complexed with lipids

要素

Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / drug resistance MFS EfpA efflux pump

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Gao, F. / Zhang, X. / Li, D. / Ma, X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the multidrug efflux pump EfpA from M. tuberculosis complexed with lipids
著者: Gao, F. / Zhang, X. / Li, D. / Ma, X.

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x6x.cif.gz	166.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x6x.ent.gz	129.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8x6x_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x6x_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8x6x_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	8x6x_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	38093MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

B: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Uncharacterized MFS-type transporter EfpA 分子量: 59671.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: efpA / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P9WJY5
#2: 化合物	ChemComp-Y86 / [(2~{R})-1-[(9~{Z},12~{Z},15~{E})-octadeca-9,12,15-trienoyl]oxy-3-phosphonooxy-propan-2-yl] nonadecanoate 分子量: 712.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-Y8F / [(2~{S})-1-dodecanoyloxy-3-phosphonooxy-propan-2-yl] tridecanoate 分子量: 550.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: EfpA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)	生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 227843 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.32 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0033	7154
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5245	9717
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0374	1188
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0042	1190
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.4057	1115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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