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- PDB-8x19: Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x19
タイトルStructure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • Actin, cytoplasmic 1
  • Actin-like protein 6A
  • Actin-related protein 6
  • DNA methyltransferase 1-associated protein 1
  • Helicase SRCAP
  • Histone H2A type 1-C
  • Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
  • Histone H3.1
  • Histone H4
  • RuvB-like 1
  • RuvB-like 2
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
  • YEATS domain-containing protein 4
  • Zinc finger HIT domain-containing protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Remodeler / SRCAP / H2A.Z / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a protein / histone H3K18ac reader activity / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / intestinal stem cell homeostasis / hematopoietic stem cell homeostasis / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / histone chaperone activity ...positive regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a protein / histone H3K18ac reader activity / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / intestinal stem cell homeostasis / hematopoietic stem cell homeostasis / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / histone chaperone activity / positive regulation of norepinephrine uptake / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / heart process / dynein axonemal particle / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / cellular response to cytochalasin B / neural retina development / negative regulation of G0 to G1 transition / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / regulation of transepithelial transport / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / Swr1 complex / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Gap junction degradation / Formation of the non-canonical BAF (ncBAF) complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / Folding of actin by CCT/TriC / Tat protein binding / muscle cell differentiation / postsynaptic actin cytoskeleton / Ino80 complex / RSC-type complex / blastocyst formation / Regulation of CDH1 Function / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / box C/D snoRNP assembly / apical protein localization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / ATP-dependent chromatin remodeler activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolus organization / Interaction between L1 and Ankyrins / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / tight junction / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / apical junction complex / positive regulation of double-strand break repair / spinal cord development / regulation of chromosome organization / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / histone H3K27ac reader activity / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of T cell proliferation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / cortical cytoskeleton / regulation of DNA replication / MLL1 complex / TFIID-class transcription factor complex binding / nitric-oxide synthase binding / regulation of embryonic development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / brush border / somatic stem cell population maintenance / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Telomere Extension By Telomerase / protein folding chaperone complex / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of myoblast differentiation
類似検索 - 分子機能
DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / Vps71/ZNHIT1 / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / HIT zinc finger / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein ...DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / Vps71/ZNHIT1 / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / HIT zinc finger / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein / YEATS / Zinc finger, HIT-type / : / : / Vps72/YL1, C-terminal / YEATS superfamily / YEATS family / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YEATS domain profile. / YL1 nuclear protein C-terminal domain / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / domain in helicases and associated with SANT domains / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Zinc finger HIT domain-containing protein 1 / YEATS domain-containing protein 4 / Actin-like protein 6A / Actin, cytoplasmic 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Zinc finger HIT domain-containing protein 1 / YEATS domain-containing protein 4 / Actin-like protein 6A / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.1 / Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / Chromatin remodeling protein SRCAP / Histone H2A type 1-C / Actin-related protein 6 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yu, J. / Wang, Q. / Yu, Z. / Li, W. / Wang, L. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural insights into histone exchange by human SRCAP complex.
著者: Jiali Yu / Fengrui Sui / Feng Gu / Wanjun Li / Zishuo Yu / Qianmin Wang / Shuang He / Li Wang / Yanhui Xu /
要旨: Histone variant H2A.Z is found at promoters and regulates transcription. The ATP-dependent chromatin remodeler SRCAP complex (SRCAP-C) promotes the replacement of canonical histone H2A-H2B dimer with ...Histone variant H2A.Z is found at promoters and regulates transcription. The ATP-dependent chromatin remodeler SRCAP complex (SRCAP-C) promotes the replacement of canonical histone H2A-H2B dimer with H2A.Z-H2B dimer. Here, we determined structures of human SRCAP-C bound to H2A-containing nucleosome at near-atomic resolution. The SRCAP subunit integrates a 6-subunit actin-related protein (ARP) module and an ATPase-containing motor module. The ATPase-associated ARP module encircles half of the nucleosome along the DNA and may restrain net DNA translocation, a unique feature of SRCAP-C. The motor module adopts distinct nucleosome binding modes in the apo (nucleotide-free), ADP-bound, and ADP-BeF-bound states, suggesting that ATPase-driven movement destabilizes H2A-H2B by unwrapping the entry DNA and pulls H2A-H2B out of nucleosome through the ZNHIT1 subunit. Structure-guided chromatin immunoprecipitation sequencing analysis confirmed the requirement of H2A-contacting ZNHIT1 in maintaining H2A.Z occupancy on the genome. Our study provides structural insights into the mechanism of H2A-H2A.Z exchange mediated by SRCAP-C.
履歴
登録2023年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H2A type 1-C
B: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
C: Histone H3.1
D: Histone H4
E: Histone H2A type 1-C
F: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
G: Histone H3.1
H: Histone H4
I: Helicase SRCAP
J: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
K: Actin-related protein 6
L: Zinc finger HIT domain-containing protein 1
M: RuvB-like 1
N: RuvB-like 2
O: RuvB-like 1
P: RuvB-like 2
Q: RuvB-like 1
R: RuvB-like 2
S: Actin, cytoplasmic 1
T: Actin-like protein 6A
U: Actin, cytoplasmic 1
V: DNA methyltransferase 1-associated protein 1
W: YEATS domain-containing protein 4
X: DNA (147-MER)
Y: DNA (147-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,167,91836
ポリマ－1,163,82225
非ポリマー4,09511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 14種, 23分子 AEBFCGDHIJKLMOQNPRSUTVW

#1: タンパク質 Histone H2A type 1-C / H2A-clustered histone 6 / Histone H2A/l


分子量: 14135.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC6, H2AFL, HIST1H2AC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93077
#2: タンパク質 Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H2B.1 A / Histone H2B.a / H2B/a / Histone H2B.g / H2B/g / Histone H2B.h / H2B/h / Histone ...Histone H2B.1 A / Histone H2B.a / H2B/a / Histone H2B.g / H2B/g / Histone H2B.h / H2B/h / Histone H2B.k / H2B/k / Histone H2B.l / H2B/l


分子量: 13937.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H2BC4, H2BFL, HIST1H2BC, H2BC6, H2BFH, HIST1H2BE, H2BC7, H2BFG, HIST1H2BF, H2BC8, H2BFA, HIST1H2BG, H2BC10, H2BFK, HIST1H2BI
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62807
#3: タンパク質 Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 15437.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, ...遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431
#4: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4C16, H4-16, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#5: タンパク質 Helicase SRCAP / Domino homolog 2 / Snf2-related CBP activator


分子量: 343915.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRCAP, KIAA0309 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6ZRS2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#6: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / Protein YL-1 / Transcription factor-like 1


分子量: 40658.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS72, TCFL1, YL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15906
#7: タンパク質 Actin-related protein 6 / hArp6 / hARPX


分子量: 45857.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTR6, CDA12 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZN1
#8: タンパク質 Zinc finger HIT domain-containing protein 1 / Cyclin-G1-binding protein 1 / Zinc finger protein subfamily 4A member 1 / p18 Hamlet


分子量: 17567.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNHIT1, CGBP1, ZNFN4A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43257
#9: タンパク質 RuvB-like 1 / 49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa ...49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-54 / INO80 complex subunit H / Nuclear matrix protein 238 / NMP 238 / Pontin 52 / TIP49a / TIP60-associated protein 54-alpha / TAP54-alpha


分子量: 50296.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y265, DNA helicase
#10: タンパク質 RuvB-like 2 / 48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa ...48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-51 / INO80 complex subunit J / Repressing pontin 52 / Reptin 52 / TIP49b / TIP60-associated protein 54-beta / TAP54-beta


分子量: 51222.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y230, DNA helicase
#11: タンパク質 Actin, cytoplasmic 1 / Beta-actin


分子量: 41782.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P60709, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#12: タンパク質 Actin-like protein 6A / 53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor ...53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor 53A / BAF53A / INO80 complex subunit K


分子量: 47509.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTL6A, BAF53, BAF53A, INO80K / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96019
#13: タンパク質 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DNMAP1 / DNMT1-associated protein 1


分子量: 53090.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMAP1, KIAA1425 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF5
#14: タンパク質 YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI-1 / NuBI1


分子量: 26541.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95619

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#15: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45644.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45105.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 11分子

#17: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4-#6, #8-#12, #14, #1-#3, #7, #13, #15-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 475617 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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