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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wx5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with TASL (inward-facing open) | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Transporter / Immune system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / peptidoglycan transport ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / peptidoglycan transport / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / peptide transport / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å | ||||||
データ登録者 | Ohto, U. / Zhang, Z. / Fujimura, A. / Shimizu, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with TASL (inward-facing open) 著者: Zhang, Z. / Kasai, S. / Sakaniwa, K. / Fujimura, A. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wx5.cif.gz | 98.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wx5.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wx5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wx5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wx5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wx5_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wx5_validation.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wx5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37901MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64856.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC15A4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N697 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1776.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human SLC15A4 and TASL complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 367747 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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