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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wpz | ||||||
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タイトル | Cryo-ET structure of RuBisCO at 3.9 angstroms from Synechococcus elongatus PCC 7942 | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / carboxysome / RuBisCO / cryo-et | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kong, W.W. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Cryo-electron tomography reveals the packaging pattern of RuBisCOs in Synechococcus β-carboxysome. 著者: Wen-Wen Kong / Yun Zhu / Heng-Rui Zhao / Kang Du / Rui-Qian Zhou / Bo Li / Feng Yang / Pu Hou / Xia-He Huang / Yuxing Chen / Ying-Chun Wang / Fei Sun / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou / 要旨: Carboxysomes are large self-assembled microcompartments that serve as the central machinery of a CO-concentrating mechanism (CCM). Biogenesis of carboxysome requires the fine organization of ...Carboxysomes are large self-assembled microcompartments that serve as the central machinery of a CO-concentrating mechanism (CCM). Biogenesis of carboxysome requires the fine organization of thousands of individual proteins; however, the packaging pattern of internal RuBisCOs remains largely unknown. Here we purified the intact β-carboxysomes from Synechococcus elongatus PCC 7942 and identified the protein components by mass spectrometry. Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging revealed the general organization pattern of internal RuBisCOs, in which the adjacent RuBisCOs are mainly arranged in three distinct manners: head-to-head, head-to-side, and side-by-side. The RuBisCOs in the outermost layer are regularly aligned along the shell, the majority of which directly interact with the shell. Moreover, statistical analysis enabled us to propose an ideal packaging model of RuBisCOs in the β-carboxysome. These results provide new insights into the biogenesis of β-carboxysomes and also advance our understanding of the efficient carbon fixation functionality of carboxysomes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wpz.cif.gz | 756.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wpz.ent.gz | 635.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 37727MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13349.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) 参照: UniProt: Q31NB2 #2: タンパク質 | 分子量: 52516.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) 参照: UniProt: Q31NB3, ribulose-bisphosphate carboxylase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RuBisCO / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus (strain ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 3.5 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 145 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2700 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 88 / Num. of volumes extracted: 29000 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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