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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wp0 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Arabidopsis E529Q/E1174Q ABCB19 in the ATP bound state | |||||||||
要素 | ABC transporter B family member 19 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acropetal auxin transport / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / response to red or far red light / formation of plant organ boundary / basipetal auxin transport / auxin transport / auxin efflux transmembrane transporter activity / positive gravitropism / stamen development / auxin polar transport ...acropetal auxin transport / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / response to red or far red light / formation of plant organ boundary / basipetal auxin transport / auxin transport / auxin efflux transmembrane transporter activity / positive gravitropism / stamen development / auxin polar transport / lateral root development / response to far red light / 光形態形成 / response to blue light / root development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / regulation of cell size / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ying, W. / Wei, H. / Liu, X. / Sun, L. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Structure and function of the ABC transporter ABCB19 in brassinosteroid export. 著者: Wei Ying / Yaowei Wang / Hong Wei / Yongming Luo / Qian Ma / Heyuan Zhu / Hilde Janssens / Nemanja Vukašinović / Miroslav Kvasnica / Johan M Winne / Yongxiang Gao / Shutang Tan / Jiří ...著者: Wei Ying / Yaowei Wang / Hong Wei / Yongming Luo / Qian Ma / Heyuan Zhu / Hilde Janssens / Nemanja Vukašinović / Miroslav Kvasnica / Johan M Winne / Yongxiang Gao / Shutang Tan / Jiří Friml / Xin Liu / Eugenia Russinova / Linfeng Sun / 要旨: Brassinosteroids are steroidal phytohormones that regulate plant development and physiology, including adaptation to environmental stresses. Brassinosteroids are synthesized in the cell interior but ...Brassinosteroids are steroidal phytohormones that regulate plant development and physiology, including adaptation to environmental stresses. Brassinosteroids are synthesized in the cell interior but bind receptors at the cell surface, necessitating a yet to be identified export mechanism. Here, we show that a member of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily, ABCB19, functions as a brassinosteroid exporter. We present its structure in both the substrate-unbound and the brassinosteroid-bound states. Bioactive brassinosteroids are potent activators of ABCB19 ATP hydrolysis activity, and transport assays showed that ABCB19 transports brassinosteroids. In , ABCB19 and its close homolog, ABCB1, positively regulate brassinosteroid responses. Our results uncover an elusive export mechanism for bioactive brassinosteroids that is tightly coordinated with brassinosteroid signaling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wp0.cif.gz | 219.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wp0.ent.gz | 172.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wp0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wp0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136930.594 Da / 分子数: 1 / 変異: E1174Q, E529Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ABCB19 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9LJX0 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Purified E529Q/E1174Q mutant ABCB19 protein in complex with ATP タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 398664 / 対称性のタイプ: POINT |