PDB-8wll: Cryo-EM structure of human VMAT2 Y422C, in the presence of reserp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wll

タイトル

Cryo-EM structure of human VMAT2 Y422C, in the presence of reserpine, determined in an inward-facing conformation

要素

Synaptic vesicular amine transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Human VMAT2 Y422C / reserpine / Inward-facing conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

serotonin secretion by mast cell / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å

データ登録者

Qu, Q. / Wang, Y. / Zhou, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human VMAT2 Y422C, in the presence of reserpine, determined in an inward-facing conformation
著者: Qu, Q. / Wang, Y. / Zhou, Z.

履歴

登録	2023年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wll.cif.gz	77.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wll.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wll	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	37623MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (5)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (5)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Synaptic vesicular amine transporter

ヘテロ分子

54.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Synaptic vesicular amine transporter / Monoamine transporter / Solute carrier family 18 member 2 / Vesicular amine transporter 2 / VAT2 分子量: 53763.152 Da / 分子数: 1 / 変異: Y422C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC18A2, SVMT, VMAT2 / Cell (発現宿主): HEK293F / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05940
#2: 化合物	ChemComp-YHR / reserpine / methyl (4R)-11,17beta-dimethoxy-18beta-[(3,4,5-trimethoxybenzoyl)oxy]-3beta,20alpha-yohimban-16beta-carboxylate / レセルピン分子量: 608.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₂O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Complex of vesicular Monoamine Transporter 2 and Reserpine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132817 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	2883
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.932	3943
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	11.135	420
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.053	486
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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