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万見
- PDB-8wcl: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wcl
タイトルFCP pentamer in Chaetoceros gracilis
要素
  • (Chlorophyll a/c-binding protein ...) x 2
  • Chlorophyll a/b-binding protein
  • Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / FCP pentamer in Chaetoceros gracilis
機能・相同性Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros neogracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Feng, Y. / Li, Z. / Zhou, C. / Liu, C. / Shen, J.-R. / Wang, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and spectroscopic insights into fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins of diatoms in diverse oligomeric states.
著者: Cuicui Zhou / Yue Feng / Zhenhua Li / Lili Shen / Xiaoyi Li / Yumei Wang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Cheng Liu / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms, a group of prevalent marine algae, contribute significantly to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, ...Diatoms, a group of prevalent marine algae, contribute significantly to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, facilitated by fucoxanthin chlorophyll (Chl) a/c-binding proteins (FCPs), which exhibit oligomeric diversity across diatom species. Using mild clear native PAGE analysis of solubilized thylakoid membranes, we displayed monomeric, dimeric, trimeric, tetrameric, and pentameric FCPs in diatoms. Mass spectrometry analysis revealed that each oligomeric FCP has a specific protein composition, and together they constitute a large Lhcf family of FCP antennas. In addition, we resolved the structures of the Thalassiosira pseudonana FCP (Tp-FCP) homotrimer and the Chaetoceros gracilis FCP (Cg-FCP) pentamer by cryoelectron microscopy at 2.73-Å and 2.65-Å resolution, respectively. The distinct pigment compositions and organizations of various oligomeric FCPs affect their blue-green light-harvesting, excitation energy transfer pathways. Compared with dimeric and trimeric FCPs, the Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer exhibit stronger absorption by Chl c, redshifted and broader Chl a fluorescence emission, and more robust circular dichroism signals originating from Chl a-carotenoid dimers. These spectroscopic characteristics indicate that Chl a molecules in the Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer are more heterogeneous than in both dimers and the Tp-FCP trimer. The structural and spectroscopic insights provided by this study contribute to a better understanding of the mechanisms that empower diatoms to adapt to fluctuating light environments.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
6: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6
8: Chlorophyll a/b-binding protein
9: Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein
5: Chlorophyll a/b-binding protein
7: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,18189
ポリマ－110,3975
非ポリマー60,78584
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Chlorophyll a/c-binding protein ... , 2種, 2分子 67

#1: タンパク質 Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6


分子量: 22758.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros neogracilis (珪藻)
#4: タンパク質 Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7


分子量: 22298.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros neogracilis (珪藻)

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タンパク質 , 2種, 3分子 859

#2: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 22098.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros neogracilis (珪藻)
#3: タンパク質 Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein


分子量: 21143.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros neogracilis (珪藻)

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糖 , 1種, 5分子

#9: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 5種, 79分子

#5: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2, #4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 681510 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00711260
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.37915909
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0963353
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491284
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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