+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wck | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FCP tetramer in Chaetoceros gracilis | ||||||
要素 | Chlorophyll a/b-binding protein | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / FCP tetramers | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / plastid / chlorophyll binding / response to light stimulus / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetoceros neogracilis (珪藻) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, Y. / Li, Z. / Zhou, C. / Shen, J.-R. / Liu, C. / Wang, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Commun / 年: 2024 タイトル: Structural and spectroscopic insights into fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins of diatoms in diverse oligomeric states. 著者: Cuicui Zhou / Yue Feng / Zhenhua Li / Lili Shen / Xiaoyi Li / Yumei Wang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Cheng Liu / Jian-Ren Shen / Wenda Wang / 要旨: Diatoms, a group of prevalent marine algae, significantly contribute to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, ...Diatoms, a group of prevalent marine algae, significantly contribute to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, facilitated by fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs), exhibiting oligomeric diversity across diatom species. Utilizing mild CN-PAGE analysis on solubilized thylakoid membranes, we displayed monomeric, dimeric, trimeric, tetrameric and pentameric FCPs in diatoms. Mass spectrometry analysis revealed each oligomeric FCP has specific protein compositions, constituting a large Lhcf family of FCP antennas. In addition, we resolved the structures of Thalassiosira pseudonana FCP (Tp-FCP) homotrimer and Chaetoceros gracilis FCP (Cg-FCP) pentamer by cryo-electron microscopy at 2.73 Å and 2.65 Å resolutions, respectively. The distinct pigment composition and organization in various oligomeric FCPs change their blue-green light-harvesting, excitation energy transfer pathways. In comparison to dimeric and trimeric FCPs, Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer exhibit stronger absorption by Chls c, red-shifted and broader Chl a fluorescence emission, as well as more robust circular dichroism signals originating from Chl a-carotenoid dimers. These spectroscopic characteristics indicate that Chl a molecules in Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer are more heterogeneous than in both dimers and Tp-FCP trimer. The structural and spectroscopic insights provided by this study contribute to a better understanding of the mechanisms that empower diatoms to adapt to fluctuating light environments. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wck.cif.gz | 205.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8wck.ent.gz | 180 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wck_validation.pdf.gz | 4.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8wck_full_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wck_validation.xml.gz | 73.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wck_validation.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37441MC 8jp3C 8wclC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 1234
#1: タンパク質 | 分子量: 22098.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros neogracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6 #6: 糖 | ChemComp-LMT / |
---|
-非ポリマー , 4種, 64分子
#2: 化合物 | ChemComp-A86 / ( #3: 化合物 | ChemComp-CLA / #4: 化合物 | ChemComp-KC2 / #5: 化合物 | ChemComp-KC1 / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: FCP tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 946436 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|