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- PDB-8w7l: Cryo-EM structure of ClassIII Lanthipeptide modification enzyme P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w7l
タイトルCryo-EM structure of ClassIII Lanthipeptide modification enzyme PneKC mutant H522A.
要素
  • (PneA) x 2
  • (Protein kinase domain-containing protein) x 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Lanthibiotic / RiPPs / LanKC / CryoEM / Antimicrobial peptides / Antiviral peptides.
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide modification / protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like / : / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein kinase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Li, Y. / Luo, M. / Shao, K. / Li, J. / Li, Z.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PneA bound PneKC at 3.75 Angstroms resolution.
著者: Li, Y. / Luo, M. / Shao, K. / Li, J. / Li, Z.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_entity_assembly / em_imaging / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / struct_asym / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_imaging.microscope_model / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Model completeness
詳細: To correct residue placement and remove models exhibiting ambiguous electron density, ensuring higher accuracy and structural clarity.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase domain-containing protein
B: Protein kinase domain-containing protein
C: PneA
D: PneA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,1026
ポリマ-203,9124
非ポリマー1902
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase domain-containing protein


分子量: 100104.680 Da / 分子数: 1 / 変異: H522A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SPRM200_1177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3S0J5
#2: タンパク質 Protein kinase domain-containing protein


分子量: 99976.547 Da / 分子数: 1 / 変異: H522A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SPRM200_1177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3S0J5
#3: タンパク質・ペプチド PneA


分子量: 1972.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド PneA


分子量: 1858.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification enzyme PneKC H522A in complex with substrate PneA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.21 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25mM Tris, 200mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1200 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTris(HOCH2)3CNH21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26420 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413905
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.98318908
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5451892
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.062088
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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