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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w5k | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast TOM core complex crosslinked by BS3 (from TOM-TIM23 complex) | ||||||
![]() | (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5 | ||||||
![]() | TRANSLOCASE / TOM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Wang, Q. / Guan, Z.Y. / Zhuang, J.J. / Huang, R. / Yin, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The architecture of substrate-engaged TOM-TIM23 supercomplex reveals preprotein proximity sites for mitochondrial protein translocation. 著者: Qiang Wang / Jinjin Zhuang / Rui Huang / Zeyuan Guan / Ling Yan / Sixing Hong / Liying Zhang / Can Huang / Zhu Liu / Ping Yin / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37295MC ![]() 8w5jC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 BJCKDLEMFI
#1: タンパク質 | 分子量: 16801.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM22, MAS17, MAS22, MOM22, YNL131W, N1217, N1862 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P49334 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM5, MOM8A, YPR133W-A 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P80967 #3: タンパク質 | 分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM6, ISP6, YOR045W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33448 #4: タンパク質 | 分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM7, MOM7, YNL070W, N2378 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P53507 #5: タンパク質 | 分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOM40, ISP42, MOM38, YMR203W, YM8325.04 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P23644 |
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-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/46E.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-46E / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TOM-TIM23 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 356520 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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