+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w4p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of PSII-FCPII-I/J/K complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / PSII-FCPII | ||||||
機能・相同性 | Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Stephanocyclus meneghinianus (珪藻) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, L.L. / Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana. 著者: Songhao Zhao / Lili Shen / Xiaoyi Li / Qiushuang Tao / Zhenhua Li / Caizhe Xu / Cuicui Zhou / Yanyan Yang / Min Sang / Guangye Han / Long-Jiang Yu / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang / 要旨: Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific ...Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific fucoxanthin chlorophyll-binding proteins (FCPs) to enhance the blue-green light absorption under water. We purified a photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex and a trimeric FCP from Cyclotella meneghiniana (Cm) and solved their structures by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structures reveal detailed organizations of monomeric, dimeric and trimeric FCP antennae, as well as distinct assemblies of Lhcx6_1 and dimeric FCPII-H in PSII core. Each Cm-PSII-FCPII monomer contains an Lhcx6_1, an FCP heterodimer and other three FCP monomers, which form an efficient pigment network for harvesting energy. More diadinoxanthins and diatoxanthins are found in FCPs, which may function to quench excess energy. The trimeric FCP contains more chlorophylls c and fucoxanthins. These diversified FCPs and PSII-FCPII provide a structural basis for efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation in C. meneghiniana. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w4p.cif.gz | 127.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8w4p.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w4p_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8w4p_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w4p_validation.xml.gz | 51.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w4p_validation.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 p43
#1: タンパク質 | 分子量: 23279.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻) |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 13039.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻) |
#3: タンパク質 | 分子量: 17850.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻) |
-非ポリマー , 3種, 38分子
#4: 化合物 | ChemComp-CLA / #5: 化合物 | ChemComp-A86 / ( #6: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cm-PSII-FCPII-I/J/K / タイプ: COMPLEX 詳細: Cm-PSII-FCPII-I/J/K complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 314409 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|