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万見
- PDB-8w2p: BsaXI-DNA complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w2p
タイトルBsaXI-DNA complex I
要素
  • (DNA (41-MER) ...) x 2
  • S.BsaXI
  • site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / restriction nuclease / restriction-modification systems / Type IIB / R-M complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Type I restriction enzyme R protein, N-terminal domain / : / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / : / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. ...Type I restriction enzyme R protein, N-terminal domain / : / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / : / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein / Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L. / Xu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)Ro1-GM105691 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical analysis of subunit assembly, DNA recognition and cleavage by a Type IIB restriction-modification enzyme: BsaXI
著者: Shen, B.W. / Heiter, D. / Xu, S. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
B: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
C: S.BsaXI
D: DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate
E: DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,2998
ポリマ－301,4765
非ポリマー8233
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, co-elution of RM2S and DNA duplex on SEC chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)


分子量: 107195.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: Cpw230 / 遺伝子: B9L19_03590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566
参照: UniProt: A0AA91YUR9, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: タンパク質 S.BsaXI / Type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein


分子量: 55038.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: Cpw230 / 遺伝子: GT3921_04730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566 / 参照: UniProt: A0A226QBA7

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DNA (41-MER) ... , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate


分子量: 16083.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate


分子量: 15963.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Quaternary complex of RM, S and DNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.69 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) / 株: Cpw230
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C2566
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM TrisHCl, 250 mM Nacl, 2 mM CaCl2
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: TrisHCl
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company /
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

アライメント法: COMA FREE / C2レンズ絞り径: 100 µm / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最低温度: 170 K / 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / Specimen-ID: 1

ID加速電圧 (kV)最大 デフォーカス（補正後） (nm)Calibrated defocus min (nm)モデル最高温度 (K)
120050001200FEI TALOS ARCTICA
23000FEI TITAN KRIOS170
撮影

平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING

IDImaging-IDフィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数
11DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)31579
22DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)12238
電子光学装置
IDImaging-ID位相板
11VOLTA PHASE PLATE
22OTHER
画像スキャン
動画フレーム数/画像利用したフレーム数/画像IDImage recording-IDEntry-ID
502-50118W2P
502-50228W2P

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID
1cryoSPARC3.2粒子像選択
2SerialEM3画像取得1
4cryoSPARC3.2CTF補正
7Coot0.9.8.9.2ELモデルフィッティング
9SerialEM4画像取得2
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3分類
13cryoSPARC3.3３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 245111 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: manual built model in coot / Source name: Other / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00321359
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66229149
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.2413346
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0423168
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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