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万見
- PDB-8vz6: PbAbiF dimer bound to ncRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vz6
タイトルPbAbiF dimer bound to ncRNA
要素
  • Abi family protein
  • AbiF ncRNA
キーワードTOXIN/RNA / toxin-antitoxin / RNP / RNA-binding protein / HEPN / TOXIN / TOXIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Zilberzwige-Tal, S. / Altae-Tran, H. / Zhang, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01HG009761 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Emergence of a CRISPR RNA-guiding mechanism from a type III toxin-antitoxin system
著者: Zilberzwige-Tal, S. / Altae-Tran, H. / Kannan, S. / Wilkinson, M.E. / Vo, S.C. / Shmakov, S. / Yao, C.J. / Strebinger, D. / Edmonds, K.K. / Mears, K.S. / Makarova, K.S. / Macrae, R.K. / Koonin, E.V. / Zhang, F.
履歴
登録2024年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abi family protein
R: AbiF ncRNA
B: Abi family protein
S: AbiF ncRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9264
ポリマ－101,9264
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Abi family protein


分子量: 35008.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NCBI GCA_900316285.1 contig: ONCG01000034.1 start 16721 end 17623 strand +
由来: (組換発現) uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 AbiF ncRNA


分子量: 15954.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NCBI GCA_900316285.1 contig: ONCG01000034.1 start 16721 end 17623 strand +
由来: (組換発現) uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AbiF RNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: uncultured Prevotellaceae bacterium (環境試料)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES-KOH pH 7.9, 250 mM potassium acetate, 2.5 mM magnesium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM desthiobiotin
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.69 sec. / 電子線照射量: 42.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4272
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1142600
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12790 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0067326
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.14210390
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.611830
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.061230
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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