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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vye | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S (C.37 Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / sars-cov-2 / coronavirus / lambda / s309 / s2l20 / s2x303 / C.37 / antibody / Fab / S protein / spike / fusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | McCallum, M. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Quantifying how single dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy depends on Spike sequence features. 著者: Craig A Magaret / Li Li / Allan C deCamp / Morgane Rolland / Michal Juraska / Brian D Williamson / James Ludwig / Cindy Molitor / David Benkeser / Alex Luedtke / Brian Simpkins / Fei Heng / ...著者: Craig A Magaret / Li Li / Allan C deCamp / Morgane Rolland / Michal Juraska / Brian D Williamson / James Ludwig / Cindy Molitor / David Benkeser / Alex Luedtke / Brian Simpkins / Fei Heng / Yanqing Sun / Lindsay N Carpp / Hongjun Bai / Bethany L Dearlove / Elena E Giorgi / Mandy Jongeneelen / Boerries Brandenburg / Matthew McCallum / John E Bowen / David Veesler / Jerald Sadoff / Glenda E Gray / Sanne Roels / An Vandebosch / Daniel J Stieh / Mathieu Le Gars / Johan Vingerhoets / Beatriz Grinsztejn / Paul A Goepfert / Leonardo Paiva de Sousa / Mayara Secco Torres Silva / Martin Casapia / Marcelo H Losso / Susan J Little / Aditya Gaur / Linda-Gail Bekker / Nigel Garrett / Carla Truyers / Ilse Van Dromme / Edith Swann / Mary A Marovich / Dean Follmann / Kathleen M Neuzil / Lawrence Corey / Alexander L Greninger / Pavitra Roychoudhury / Ollivier Hyrien / Peter B Gilbert / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: In the ENSEMBLE randomized, placebo-controlled phase 3 trial (NCT04505722), estimated single-dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy (VE) was 56% against moderate to severe-critical COVID-19. SARS-CoV-2 ...In the ENSEMBLE randomized, placebo-controlled phase 3 trial (NCT04505722), estimated single-dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy (VE) was 56% against moderate to severe-critical COVID-19. SARS-CoV-2 Spike sequences were determined from 484 vaccine and 1,067 placebo recipients who acquired COVID-19. In this set of prespecified analyses, we show that in Latin America, VE was significantly lower against Lambda vs. Reference and against Lambda vs. non-Lambda [family-wise error rate (FWER) p < 0.05]. VE differed by residue match vs. mismatch to the vaccine-insert at 16 amino acid positions (4 FWER p < 0.05; 12 q-value ≤ 0.20); significantly decreased with physicochemical-weighted Hamming distance to the vaccine-strain sequence for Spike, receptor-binding domain, N-terminal domain, and S1 (FWER p < 0.001); differed (FWER ≤ 0.05) by distance to the vaccine strain measured by 9 antibody-epitope escape scores and 4 NTD neutralization-impacting features; and decreased (p = 0.011) with neutralization resistance level to vaccinee sera. VE against severe-critical COVID-19 was stable across most sequence features but lower against the most distant viruses. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 856.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 122.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 198.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43658MC ![]() 8vyfC ![]() 8vygC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-抗体 , 6種, 18分子 BFPCGQAIRDJSHMTLNU
#2: 抗体 | 分子量: 13541.036 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 11829.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 14005.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 抗体 | 分子量: 11315.497 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #6: 抗体 | 分子量: 13737.725 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #7: 抗体 | 分子量: 11270.294 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 60分子 KEO![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 140929.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lambda spike glycoprotein 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 S C.37 (Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 30000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147418 / 対称性のタイプ: POINT |