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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vsi | ||||||
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タイトル | Mechanistic Insights Revealed by YbtPQ in the Occluded State | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC importer / siderophore / occluded | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, W. / Parkinson, C. / Zheng, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024 タイトル: Mechanistic Insights Revealed by YbtPQ in the Occluded State. 著者: Wenxin Hu / Chance Parkinson / Hongjin Zheng / 要旨: Recently, several ATP-binding cassette (ABC) importers have been found to adopt the typical fold of type IV ABC exporters. Presumably, these importers would function under the transport scheme of ...Recently, several ATP-binding cassette (ABC) importers have been found to adopt the typical fold of type IV ABC exporters. Presumably, these importers would function under the transport scheme of "alternating access" like those exporters, cycling through inward-open, occluded, and outward-open conformations. Understanding how the exporter-like importers move substrates in the opposite direction requires structural studies on all the major conformations. To shed light on this, here we report the structure of yersiniabactin importer YbtPQ from uropathogenic in the occluded conformation trapped by ADP-vanadate (ADP-Vi) at a 3.1 Å resolution determined by cryo-electron microscopy. The structure shows unusual local rearrangements in multiple helices and loops in its transmembrane domains (TMDs). In addition, the dimerization of the nucleotide-binding domains (NBDs) promoted by the vanadate trapping is highlighted by the "screwdriver" action at one of the two hinge points. These structural observations are rare and thus provide valuable information to understand the structural plasticity of the exporter-like ABC importers. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vsi.cif.gz | 208.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vsi.ent.gz | 164.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vsi_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vsi_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vsi_validation.xml.gz | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vsi_validation.cif.gz | 61.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 43498MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66348.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: ybtP, A6592_10635, C3F40_00590, D4M65_13510, D4U49_03795, EIA08_14955, ERS139208_04188, FGG80_02235, HL563_00165, HL601_15305, HLV18_02815, NCTC9044_05702 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D7Q186, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 66526.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: irp_2, NCTC11341_06313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A376P7T7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: YbtPQ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 340080 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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