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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vi5 | ||||||
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タイトル | TehA from Haemophilus influenzae purified in OG | ||||||
![]() | Tellurite resistance protein TehA homolog | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ANION CHANNEL / ALPHA HELICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic cation efflux transmembrane transporter activity / response to tellurium ion / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Catalano, C. / Senko, S. / Tran, N.L. / Lucier, K.W. / Farwell, A.C. / Silva, M.S. / Dip, P.V. / Poweleit, N. / Scapin, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Cryo-Electron Microscopy Structure Determination of Tellurite-Resistance Protein A via 200 kV Transmission Electron Microscopy. 著者: Nhi L Tran / Skerdi Senko / Kyle W Lucier / Ashlyn C Farwell / Sabrina M Silva / Phat V Dip / Nicole Poweleit / Giovanna Scapin / Claudio Catalano / ![]() 要旨: Membrane proteins constitute about 20% of the human proteome and play crucial roles in cellular functions. However, a complete understanding of their structure and function is limited by their ...Membrane proteins constitute about 20% of the human proteome and play crucial roles in cellular functions. However, a complete understanding of their structure and function is limited by their hydrophobic nature, which poses significant challenges in purification and stabilization. Detergents, essential in the isolation process, risk destabilizing or altering the proteins' native conformations, thus affecting stability and functionality. This study leverages single-particle cryo-electron microscopy to elucidate the structural nuances of membrane proteins, focusing on the SLAC1 bacterial homolog from (TehA) purified with diverse detergents, including n-dodecyl β-D-maltopyranoside (DDM), glycodiosgenin (GDN), β-D-octyl-glucoside (OG), and lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). This research not only contributes to the understanding of membrane protein structures but also addresses detergent effects on protein purification. By showcasing that the overall structural integrity of the channel is preserved, our study underscores the intricate interplay between proteins and detergents, offering insightful implications for drug design and membrane biology. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35252.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tehA, HI_0511 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P44741 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 108 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 36.43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 8354 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 72100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30170 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3M7C Accession code: 3M7C / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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