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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v9j | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4) | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / cryo-EM / mycobacteria / hibernation / Msmeg1130 / Balon | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Rybak, M.Y. / Helena-Bueno, K. / Hill, C.H. / Melnikov, S.V. / Gagnon, M.G. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A new family of bacterial ribosome hibernation factors. 著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / ...著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / Bálint Csörgő / Patrick J Moynihan / Matthieu G Gagnon / Chris H Hill / Sergey V Melnikov / ![]() ![]() ![]() 要旨: To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of ...To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of hibernation factors have been described, but the low conservation of these proteins and the huge diversity of species, habitats and environmental stressors have confounded their discovery. Here, by combining cryogenic electron microscopy, genetics and biochemistry, we identify Balon, a new hibernation factor in the cold-adapted bacterium Psychrobacter urativorans. We show that Balon is a distant homologue of the archaeo-eukaryotic translation factor aeRF1 and is found in 20% of representative bacteria. During cold shock or stationary phase, Balon occupies the ribosomal A site in both vacant and actively translating ribosomes in complex with EF-Tu, highlighting an unexpected role for EF-Tu in the cellular stress response. Unlike typical A-site substrates, Balon binds to ribosomes in an mRNA-independent manner, initiating a new mode of ribosome hibernation that can commence while ribosomes are still engaged in protein synthesis. Our work suggests that Balon-EF-Tu-regulated ribosome hibernation is a ubiquitous bacterial stress-response mechanism, and we demonstrate that putative Balon homologues in Mycobacteria bind to ribosomes in a similar fashion. This finding calls for a revision of the current model of ribosome hibernation inferred from common model organisms and holds numerous implications for how we understand and study ribosome hibernation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 207.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 381 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43074MC ![]() 8rd8C ![]() 8rdvC ![]() 8rdwC ![]() 8v9kC ![]() 8v9lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 avyAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 24531.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 |
#25: RNA鎖 | 分子量: 1026283.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627 |
-30S Ribosomal Protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | 分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QVB8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0A2U9Q0X2 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS97 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSP9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD0 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL6 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS96 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG2 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QVQ3 |
#16: タンパク質 | 分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QV37 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSE0 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R7F7 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD5 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R102 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: MC2155 |
+50S Ribosomal Protein ... , 33種, 33分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ123456...
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 z

#24: タンパク質 | 分子量: 41390.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSMEG_1130 由来: (組換発現) ![]() 株: MC2155 / 遺伝子: MSMEG_1130 / プラスミド: pET28-SMT3-MSMEG_1130 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#60: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#59 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.6 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 60 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11031 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 302401 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5o61 Accession code: 5o61 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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