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- PDB-8v9j: Cryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v9j
タイトルCryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4)
要素
  • (30S Ribosomal Protein ...) x 20
  • (50S Ribosomal Protein ...) x 33
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • Ribosome hibernation factor Balon (MSMEG_1130)
  • pe/E deacylated phenylanaline-tRNA
  • poly-U mRNA
キーワードRIBOSOME / cryo-EM / mycobacteria / hibernation / Msmeg1130 / Balon
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 10 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 10 / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 ...Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 10 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 10 / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Peptide chain release factor 1 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL1 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Peptide chain release factor 1 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL28
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rybak, M.Y. / Helena-Bueno, K. / Hill, C.H. / Melnikov, S.V. / Gagnon, M.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136936 米国
Welch FoundationH-2032-20230405 米国
Other governmentJames W. McLaughlin Postdoctoral Fellowship
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A new family of bacterial ribosome hibernation factors.
著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / ...著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / Bálint Csörgő / Patrick J Moynihan / Matthieu G Gagnon / Chris H Hill / Sergey V Melnikov /
要旨: To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of ...To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of hibernation factors have been described, but the low conservation of these proteins and the huge diversity of species, habitats and environmental stressors have confounded their discovery. Here, by combining cryogenic electron microscopy, genetics and biochemistry, we identify Balon, a new hibernation factor in the cold-adapted bacterium Psychrobacter urativorans. We show that Balon is a distant homologue of the archaeo-eukaryotic translation factor aeRF1 and is found in 20% of representative bacteria. During cold shock or stationary phase, Balon occupies the ribosomal A site in both vacant and actively translating ribosomes in complex with EF-Tu, highlighting an unexpected role for EF-Tu in the cellular stress response. Unlike typical A-site substrates, Balon binds to ribosomes in an mRNA-independent manner, initiating a new mode of ribosome hibernation that can commence while ribosomes are still engaged in protein synthesis. Our work suggests that Balon-EF-Tu-regulated ribosome hibernation is a ubiquitous bacterial stress-response mechanism, and we demonstrate that putative Balon homologues in Mycobacteria bind to ribosomes in a similar fashion. This finding calls for a revision of the current model of ribosome hibernation inferred from common model organisms and holds numerous implications for how we understand and study ribosome hibernation.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: 16S Ribosomal RNA
b: 30S Ribosomal Protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S Ribosomal Protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S Ribosomal Protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S Ribosomal Protein S14
o: 30S Ribosomal Protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S Ribosomal Protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S Ribosomal Protein S22
v: poly-U mRNA
y: pe/E deacylated phenylanaline-tRNA
z: Ribosome hibernation factor Balon (MSMEG_1130)
A: 23S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S Ribosomal Protein L4
F: 50S Ribosomal Protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S Ribosomal Protein L01
L: 50S Ribosomal Protein L13
M: 50S ribosomal protein L14
N: 50S ribosomal protein L15
O: 50S Ribosomal Protein L16
P: 50S ribosomal protein L17
Q: 50S Ribosomal Protein L18
R: 50S ribosomal protein L19
S: 50S Ribosomal Protein L20
T: 50S Ribosomal Protein L21
U: 50S Ribosomal Protein L22
V: 50S Ribosomal Protein L23
W: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L25
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S Ribosomal Protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S Ribosomal Protein L31
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S Ribosomal Protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
9: 50S Ribosomal Protein L37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,386,15961
ポリマ－2,386,02959
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 avyAB

#1: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627
#22: RNA鎖 poly-U mRNA


分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155
#23: RNA鎖 pe/E deacylated phenylanaline-tRNA


分子量: 24531.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155
#25: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 1026283.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627
#26: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: GenBank: 118168627

-
30S Ribosomal Protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#2: タンパク質 30S Ribosomal Protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QVB8
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD7
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL7
#5: タンパク質 30S Ribosomal Protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG6
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0A2U9Q0X2
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS97
#8: タンパク質 30S Ribosomal Protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSP9
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD0
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL6
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS96
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL5
#14: タンパク質 30S Ribosomal Protein S14


分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG2
#15: タンパク質 30S Ribosomal Protein S15


分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QVQ3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QV37
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSE0
#18: タンパク質 30S Ribosomal Protein S18


分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R7F7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD5
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R102
#21: タンパク質・ペプチド 30S Ribosomal Protein S22


分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155

+
50S Ribosomal Protein ... , 33種, 33分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ123456...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD4
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD1
#29: タンパク質 50S Ribosomal Protein L4


分子量: 22920.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD2
#30: タンパク質 50S Ribosomal Protein L5


分子量: 21152.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG1
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG4
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R7F6
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 18035.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS62
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 15023.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS45
#35: タンパク質 50S Ribosomal Protein L01


分子量: 25058.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS46
#36: タンパク質 50S Ribosomal Protein L13


分子量: 16146.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSP8
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSF9
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG8
#39: タンパク質 50S Ribosomal Protein L16


分子量: 15627.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD8
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL9
#41: タンパク質 50S Ribosomal Protein L18


分子量: 13711.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: I7FGD9
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QV42
#43: タンパク質 50S Ribosomal Protein L20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QYU6
#44: タンパク質 50S Ribosomal Protein L21


分子量: 11055.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R151
#45: タンパク質 50S Ribosomal Protein L22


分子量: 16353.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD6
#46: タンパク質 50S Ribosomal Protein L23


分子量: 11047.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD3
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG0
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R3D2
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R150
#50: タンパク質 50S Ribosomal Protein L28


分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: I7FJ52
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSD9
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSG7
#53: タンパク質 50S Ribosomal Protein L31


分子量: 8312.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R215
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R3I9
#55: タンパク質 50S Ribosomal Protein L33


分子量: 6468.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QS39
#56: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0R7K0
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QYU7
#58: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QSL4
#59: タンパク質・ペプチド 50S Ribosomal Protein L37


分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 参照: UniProt: A0QTP4

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 z

#24: タンパク質 Ribosome hibernation factor Balon (MSMEG_1130)


分子量: 41390.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSMEG_1130
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2155 / 遺伝子: MSMEG_1130 / プラスミド: pET28-SMT3-MSMEG_1130 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QRI6
#60: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#59 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-KOH, 60 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11031

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
3cryoSPARC4.2.1masking
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2.4158モデル精密化
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 302401 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5o61

5o61


Accession code: 5o61 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003166045
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.552248111
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.50364593
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03531679
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00513762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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