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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v4y | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleosome / chromatin remodeler / ISWI / SNF2h / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone octamer slider activity / RSF complex / ACF complex / WICH complex / negative regulation of mitotic chromosome condensation / CHRAC / NoRC complex / NURF complex / B-WICH complex / rDNA heterochromatin formation ...histone octamer slider activity / RSF complex / ACF complex / WICH complex / negative regulation of mitotic chromosome condensation / CHRAC / NoRC complex / NURF complex / B-WICH complex / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / condensed chromosome / positive regulation of DNA replication / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of DNA replication / nucleosome binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / pericentric heterochromatin / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / antiviral innate immune response / helicase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / DNA-templated transcription initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / fibrillar center / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / site of double-strand break / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chio, U.S. / Palovcak, E. / Armache, J.P. / Narlikar, G.J. / Cheng, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Functionalized graphene-oxide grids enable high-resolution cryo-EM structures of the SNF2h-nucleosome complex without crosslinking. 著者: Un Seng Chio / Eugene Palovcak / Anton A A Smith / Henriette Autzen / Elise N Muñoz / Zanlin Yu / Feng Wang / David A Agard / Jean-Paul Armache / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng / 要旨: Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the ...Single-particle cryo-EM is widely used to determine enzyme-nucleosome complex structures. However, cryo-EM sample preparation remains challenging and inconsistent due to complex denaturation at the air-water interface (AWI). Here, to address this issue, we develop graphene-oxide-coated EM grids functionalized with either single-stranded DNA (ssDNA) or thiol-poly(acrylic acid-co-styrene) (TAASTY) co-polymer. These grids protect complexes between the chromatin remodeler SNF2h and nucleosomes from the AWI and facilitate collection of high-quality micrographs of intact SNF2h-nucleosome complexes in the absence of crosslinking. The data yields maps ranging from 2.3 to 3 Å in resolution. 3D variability analysis reveals nucleotide-state linked conformational changes in SNF2h bound to a nucleosome. In addition, the analysis provides structural evidence for asymmetric coordination between two SNF2h protomers acting on the same nucleosome. We envision these grids will enable similar detailed structural analyses for other enzyme-nucleosome complexes and possibly other protein-nucleic acid complexes in general. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v4y.cif.gz | 657.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v4y.ent.gz | 516.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v4y_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v4y_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8v4y_validation.xml.gz | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v4y_validation.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42977MC 8v6vC 8v7lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHW
#1: タンパク質 | 分子量: 15271.863 Da / 分子数: 2 / 変異: G102A, C110A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 変異: G99R, A123S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P06897 #4: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 変異: S29T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 122089.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA5, SNF2H, WCRF135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O60264, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-Widom 601 DNA (147-mer) with 60 base pairs flanking DNA ... , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 64200.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 63626.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#8: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
#10: 化合物 | ChemComp-BEF / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta(DE3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 100 nM nucleosome with 500 nM SNF2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: cryoSPARC Patch CTF estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8509125 詳細: Particles picked using cryoSPARC's template picker with templates generated from a nucleosome. | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146702 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement. Gold-standard FSC determined by cryoSPARC using auto mask generation and tightening. 対称性のタイプ: POINT |