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万見
- PDB-8uz2: E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstructi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uz2
タイトルE. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom
要素
  • (Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit ...) x 2
  • Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
  • Biotin carboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / complex / enzyme / biosynthesis of fatty acids
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process ...acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal ...Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BIOTIN / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Xu, X. / Silva de Sousa, A. / Boram, T.J. / Jiang, W. / Lohman, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140290 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom
著者: Xu, X. / Silva de Sousa, A. / Boram, T.J. / Jiang, W. / Lohman, R.J.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
B: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
C: Biotin carboxylase
D: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
E: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
F: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
G: Biotin carboxylase
H: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
I: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,49919
ポリマ－278,3589
非ポリマー3,14210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit ... , 2種, 5分子 AEDHI

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / ACCase subunit alpha / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha


分子量: 34956.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: accA, b0185, JW0180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD5, acetyl-CoA carboxytransferase
#4: タンパク質 Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / ACCase subunit beta / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta


分子量: 31234.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: accD, dedB, usg, b2316, JW2313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9Q5, acetyl-CoA carboxytransferase

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タンパク質 , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質 Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase / BCCP


分子量: 8370.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: accB, fabE, b3255, JW3223 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD8
#3: タンパク質 Biotin carboxylase / Acetyl-coenzyme A carboxylase biotin carboxylase subunit A


分子量: 49000.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: accC, fabG, b3256, JW3224 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24182, biotin carboxylase

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非ポリマー , 5種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMHEPES1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 2.01 sec. / 電子線照射量: 54.44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 81.06 ° / 軸方向距離/サブユニット: 19.16 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 577289 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00417828
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56124060
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.292600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432666
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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