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- PDB-8uy6: Aquaporin Z with ALFA tag and bound to nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uy6
タイトルAquaporin Z with ALFA tag and bound to nanobody
要素
  • Aquaporin Z
  • anti-ALFA nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AqpZ / water channel / ALFA tag / cardiolipin
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Aquaporin Z
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stover, L. / Bahramimoghaddam, H. / Wang, L. / Zhou, M. / Laganowsky, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138863 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139876 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RM1GM145416 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Grafting the ALFA tag for structural studies of aquaporin Z.
著者: Lauren Stover / Hanieh Bahramimoghaddam / Lie Wang / Samantha Schrecke / Gaya P Yadav / Ming Zhou / Arthur Laganowsky /
要旨: Aquaporin Z (AqpZ), a bacterial water channel, forms a tetrameric complex and, like many other membrane proteins, activity is regulated by lipids. Various methods have been developed to facilitate ...Aquaporin Z (AqpZ), a bacterial water channel, forms a tetrameric complex and, like many other membrane proteins, activity is regulated by lipids. Various methods have been developed to facilitate structure determination of membrane proteins, such as the use of antibodies. Here, we graft onto AqpZ the ALFA tag (AqpZ-ALFA), an alpha helical epitope, to make use of the high-affinity anti-ALFA nanobody (nB). Native mass spectrometry reveals the AqpZ-ALFA fusion forms a stable, 1:1 complex with nB. Single-particle cryogenic electron microscopy studies reveal the octameric (AqpZ-ALFA)(nB) complex forms a dimeric assembly and the structure was determined to 1.9 Å resolution. Dimerization of the octamer is mediated through stacking of the symmetrically bound nBs. Tube-like density is also observed, revealing a potential cardiolipin binding site. Grafting of the ALFA tag, or other epitope, along with binding and association of nBs to promote larger complexes will have applications in structural studies and protein engineering.
履歴
登録2023年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin Z
B: anti-ALFA nanobody
C: Aquaporin Z
D: anti-ALFA nanobody
E: Aquaporin Z
F: anti-ALFA nanobody
G: Aquaporin Z
H: anti-ALFA nanobody
I: Aquaporin Z
J: anti-ALFA nanobody
K: Aquaporin Z
L: anti-ALFA nanobody
M: Aquaporin Z
N: anti-ALFA nanobody
O: Aquaporin Z
P: anti-ALFA nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,19424
ポリマ－322,48116
非ポリマー11,7128
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein / Water channel AqpZ


分子量: 26710.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aqpZ, bniP, b0875, JW0859 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-A1 / 参照: UniProt: P60844
#2: 抗体
anti-ALFA nanobody


分子量: 13599.183 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 Express
#3: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobodyCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Aquaporin Z with ALFA tagCOMPLEX#11RECOMBINANT
3nanobodyCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.161 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Vicugna pacos (アルパカ)30538
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM TRIS pH 7.4, 100mM NaCl, and 0.5% C8E4
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.0粒子像選択
4cryoSPARC4.3.0CTF補正
7Coot0.9.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.3.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.3.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.3.0分類
12cryoSPARC4.3.0３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1785869
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 918328 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 1RC2

1rc2


PDB chain-ID: A / Accession code: 1RC2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00323112
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52131216
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7183736
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0423448
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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