PDB-8uxj: Caulobacter crescentus FljK flagellar filament (asymmetrical)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uxj

タイトル

Caulobacter crescentus FljK flagellar filament (asymmetrical)

要素

Flagellin FljK

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / flagellin / flagellar filament

機能・相同性

Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin FljK

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM104540	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM139168	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-SC0018409	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM135066	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32 GM143854	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments provide evidence for multi-flagellin filament stabilization
著者: Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R.

履歴

登録	2023年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年6月26日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年5月14日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uxj.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uxj.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uxj_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uxj_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8uxj_validation.xml.gz	223.5 KB	表示
CIF形式データ	8uxj_validation.cif.gz	356.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42766MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellin FljK

B: Flagellin FljK

C: Flagellin FljK

D: Flagellin FljK

E: Flagellin FljK

F: Flagellin FljK

G: Flagellin FljK

H: Flagellin FljK

I: Flagellin FljK

J: Flagellin FljK

K: Flagellin FljK

L: Flagellin FljK

M: Flagellin FljK

N: Flagellin FljK

O: Flagellin FljK

P: Flagellin FljK

Q: Flagellin FljK

R: Flagellin FljK

S: Flagellin FljK

T: Flagellin FljK

U: Flagellin FljK

V: Flagellin FljK

W: Flagellin FljK

X: Flagellin FljK

Y: Flagellin FljK

Z: Flagellin FljK

a: Flagellin FljK

b: Flagellin FljK

c: Flagellin FljK

d: Flagellin FljK

e: Flagellin FljK

f: Flagellin FljK

h: Flagellin FljK

i: Flagellin FljK

j: Flagellin FljK

g: Flagellin FljK

996 kDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	... Flagellin FljK / 25 kDa flagellin 分子量: 27662.900 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000 / 参照: UniProt: P18913
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: FljK flagellar filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44978 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	70056
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.562	94824
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.93	9792
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.036	12204
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	12132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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