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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8usq
タイトルStructural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
要素DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
キーワードMETAL TRANSPORT / IRON-SULFUR CLUSTER / METALLOCOFACTOR / ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / MMXD complex / iron-sulfur cluster assembly / DNA metabolic process / response to UV / : / DNA repair / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MMS19, C-terminal / MMS19, N-terminal / DNA repair/transcription protein MET18/MMS19 / RNAPII transcription regulator C-terminal / Dos2-interacting transcription regulator of RNA-Pol-II / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.77 Å
データ登録者Vasquez, S. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121673 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1247312 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007287 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway.
著者: Sheena Vasquez / Melissa D Marquez / Edward J Brignole / Amanda Vo / Sunnie Kong / Christopher Park / Deborah L Perlstein / Catherine L Drennan /
要旨: Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the ...Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the cytosolic iron-sulfur cluster assembly (CIA) pathway is not well understood. Here we report cryo-EM structures of the HEAT-repeat protein Met18 from Saccharomyces cerevisiae, a key component of the CIA targeting complex (CTC) that identifies cytosolic and nuclear client proteins and delivers a mature iron-sulfur cluster. We find that in the absence of other CTC proteins, Met18 adopts tetrameric and hexameric states. Using mass photometry and negative stain EM, we show that upon the addition of Cia2, these higher order oligomeric states of Met18 disassemble. We also use pulldown assays to identify residues of critical importance for Cia2 binding and recognition of the Leu1 client, many of which are buried when Met18 oligomerizes. Our structures show conformations of Met18 that have not been previously observed in any Met18 homolog, lending support to the idea that a highly flexible Met18 may be key to how the CTC is able to deliver iron-sulfur clusters to client proteins of various sizes and shapes, i.e. Met18 conforms to the dimensions needed.
履歴
登録2023年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Source and taxonomy
カテゴリ: em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity_src_gen
Item: _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism ..._em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _em_entity_assembly_naturalsource.strain / _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_recombinant.strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
F: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
D: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19
C: DNA repair/transcription protein MET18/MMS19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,0284
ポリマ－472,0284
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA repair/transcription protein MET18/MMS19


分子量: 118007.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 遺伝子: MET18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40469

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: QUATERNARY COMPLEX OF MET18 TETRAMER / タイプ: COMPLEX / 詳細: MET18 TETRAMER IMAGED AND SOLVED BY CRYO-EM. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 118 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2100 mMNaCl1
31 %Glycerol1
45 mMBetamercaptoethanol1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 77 % / 凍結前の試料温度: 297.15 K / 詳細: SAMPLE WAS PREPARED ON THE CHAMELEON

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 53.47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 139569
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 12.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30104 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6tc0

6tc0


Accession code: 6tc0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 12.77 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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