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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ur8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA) dimer of dimers | ||||||
要素 | Oleate hydratase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / oleate hydratase (OhyA) / phospholipids / membrane binding domain / amphipathic helices / interfacial enzyme / peripheral membrane protein | ||||||
機能・相同性 | oleate hydratase / oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Myosin-cross-reactive antigen 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Oldham, M.L. / Qayyum, M.Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM reconstruction of oleate hydratase bound to a phospholipid membrane bilayer. 著者: Michael L Oldham / M Zuhaib Qayyum / Ravi C Kalathur / Charles O Rock / Christopher D Radka / 要旨: Oleate hydratase (OhyA) is a bacterial peripheral membrane protein that catalyzes FAD-dependent water addition to membrane bilayer-embedded unsaturated fatty acids. The opportunistic pathogen ...Oleate hydratase (OhyA) is a bacterial peripheral membrane protein that catalyzes FAD-dependent water addition to membrane bilayer-embedded unsaturated fatty acids. The opportunistic pathogen Staphylococcus aureus uses OhyA to counteract the innate immune system and support colonization. Many Gram-positive and Gram-negative bacteria in the microbiome also encode OhyA. OhyA is a dimeric flavoenzyme whose carboxy terminus is identified as the membrane binding domain; however, understanding how OhyA binds to cellular membranes is not complete until the membrane-bound structure has been elucidated. All available OhyA structures depict the solution state of the protein outside its functional environment. Here, we employ liposomes to solve the cryo-electron microscopy structure of the functional unit: the OhyA•membrane complex. The protein maintains its structure upon membrane binding and slightly alters the curvature of the liposome surface. OhyA preferentially associates with 20-30 nm liposomes with multiple copies of OhyA dimers assembling on the liposome surface resulting in the formation of higher-order oligomers. Dimer assembly is cooperative and extends along a formed ridge of the liposome. We also solved an OhyA dimer of dimers structure that recapitulates the intermolecular interactions that stabilize the dimer assembly on the membrane bilayer as well as the crystal contacts in the lattice of the OhyA crystal structure. Our work enables visualization of the molecular trajectory of membrane binding for this important interfacial enzyme. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ur8.cif.gz | 457 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ur8.ent.gz | 376 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ur8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ur8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ur8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ur8_validation.xml.gz | 70.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ur8_validation.cif.gz | 105.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8ur8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8ur8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69892.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, ...遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, HMPREF3211_02399, NCTC10654_00136, RK64_00980 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A0D6GJV1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dimer of Dimers of OhyA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.278686 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)Star | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 79000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 276 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 372852 詳細: template picking using templates generated from model map reconstructed from pdb 7kav | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73589 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7kav Accession code: 7kav / 詳細: initial model was a crystal structure / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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