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- PDB-8upy: Methanosarcine mazei tRNAPyl in A-site of ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8upy
タイトルMethanosarcine mazei tRNAPyl in A-site of ribosome
要素RNA (72-MER)
キーワードRNA / tRNA / pyrrolysine / translation
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krahn, N. / Zhang, J. / Melnikov, S.V. / Tharp, J.M. / Villa, A. / Patel, A. / Howard, R.J. / Gabir, H. / Patel, T.R. / Stetefeld, J. ...Krahn, N. / Zhang, J. / Melnikov, S.V. / Tharp, J.M. / Villa, A. / Patel, A. / Howard, R.J. / Gabir, H. / Patel, T.R. / Stetefeld, J. / Puglisi, J. / Soll, D.
資金援助 米国, スウェーデン, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122560 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122560-05S1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM51266 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG0298ER2031 米国
Cystic Fibrosis FoundationPUGLIS20G0 米国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2016.0488 スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: tRNA shape is an identity element for an archaeal pyrrolysyl-tRNA synthetase from the human gut.
著者: Natalie Krahn / Jingji Zhang / Sergey V Melnikov / Jeffery M Tharp / Alessandra Villa / Armaan Patel / Rebecca J Howard / Haben Gabir / Trushar R Patel / Jörg Stetefeld / Joseph Puglisi / Dieter Söll /
要旨: Protein translation is orchestrated through tRNA aminoacylation and ribosomal elongation. Among the highly conserved structure of tRNAs, they have distinguishing features which promote interaction ...Protein translation is orchestrated through tRNA aminoacylation and ribosomal elongation. Among the highly conserved structure of tRNAs, they have distinguishing features which promote interaction with their cognate aminoacyl tRNA synthetase (aaRS). These key features are referred to as identity elements. In our study, we investigated the tRNA:aaRS pair that installs the 22nd amino acid, pyrrolysine (tRNAPyl:PylRS). Pyrrolysyl-tRNA synthetases (PylRSs) are naturally encoded in some archaeal and bacterial genomes to acylate tRNAPyl with pyrrolysine. Their large amino acid binding pocket and poor recognition of the tRNA anticodon have been instrumental in incorporating >200 noncanonical amino acids. PylRS enzymes can be divided into three classes based on their genomic structure. Two classes contain both an N-terminal and C-terminal domain, however the third class (ΔpylSn) lacks the N-terminal domain. In this study we explored the tRNA identity elements for a ΔpylSn tRNAPyl from Candidatus Methanomethylophilus alvus which drives the orthogonality seen with its cognate PylRS (MaPylRS). From aminoacylation and translation assays we identified five key elements in ΔpylSn tRNAPyl necessary for MaPylRS activity. The absence of a base (position 8) and a G-U wobble pair (G28:U42) were found to affect the high-resolution structure of the tRNA, while molecular dynamic simulations led us to acknowledge the rigidity imparted from the G-C base pairs (G3:C70 and G5:C68).
履歴
登録2023年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (72-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1151
ポリマ－23,1151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: RNA鎖 RNA (72-MER)


分子量: 23114.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: pylT
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
参照: GenBank: 2047643091

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of tRNAPyl in the A-site of the E. coli ribosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei (古細菌)
由来(組換発現)生物種: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: CTFFIND / バージョン: 4 / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 405164 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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