PDB-8uh4: Cryo-EM structure of Maize Streak Virus (MSV) - single head Gemin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uh4

タイトル

Cryo-EM structure of Maize Streak Virus (MSV) - single head Geminivirus

要素

Capsid protein
genomic DNA

キーワード

VIRUS/DNA / geminivirus / single-head / maize / icosahedron / VIRUS-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Maize streak virus genotype A

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å

データ登録者

Bennett, A.B. / McKenna, R. / Mietzsch, M. / Hull, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Two States of MSV Gemini Capsid Assembly
著者: Bennett, A.D. / McKenna, R.

履歴

登録	2023年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uh4.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uh4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uh4_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uh4_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8uh4_validation.xml.gz	268.7 KB	表示
CIF形式データ	8uh4_validation.cif.gz	377.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/8uh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/8uh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42246MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

G: Capsid protein

H: Capsid protein

I: Capsid protein

J: Capsid protein

K: Capsid protein

L: Capsid protein

M: Capsid protein

N: Capsid protein

O: Capsid protein

P: Capsid protein

Q: Capsid protein

R: Capsid protein

S: Capsid protein

T: Capsid protein

U: Capsid protein

V: Capsid protein

W: Capsid protein

X: Capsid protein

Y: Capsid protein

Z: Capsid protein

a: Capsid protein

b: Capsid protein

c: Capsid protein

d: Capsid protein

e: Capsid protein

f: Capsid protein

g: Capsid protein

h: Capsid protein

i: Capsid protein

j: Capsid protein

k: Capsid protein

l: Capsid protein

m: Capsid protein

n: Capsid protein

o: Capsid protein

p: Capsid protein

q: Capsid protein

r: Capsid protein

s: Capsid protein

t: Capsid protein

u: Capsid protein

v: Capsid protein

w: Capsid protein

x: Capsid protein

y: Capsid protein

z: Capsid protein

1: Capsid protein

2: Capsid protein

3: Capsid protein

4: Capsid protein

5: Capsid protein

6: Capsid protein

7: Capsid protein

8: Capsid protein

AA: genomic DNA

AB: genomic DNA

AC: genomic DNA

AD: genomic DNA

AE: genomic DNA

AF: genomic DNA

AG: genomic DNA

AH: genomic DNA

AI: genomic DNA

AJ: genomic DNA

AK: genomic DNA

AL: genomic DNA

AM: genomic DNA

AN: genomic DNA

AO: genomic DNA

AP: genomic DNA

AQ: genomic DNA

AR: genomic DNA

AS: genomic DNA

AT: genomic DNA

AU: genomic DNA

AV: genomic DNA

AW: genomic DNA

AX: genomic DNA

AY: genomic DNA

AZ: genomic DNA

Aa: genomic DNA

Ab: genomic DNA

Ac: genomic DNA

Ad: genomic DNA

Ae: genomic DNA

Af: genomic DNA

Ag: genomic DNA

Ah: genomic DNA

Ai: genomic DNA

Aj: genomic DNA

Ak: genomic DNA

Al: genomic DNA

Am: genomic DNA

An: genomic DNA

Ao: genomic DNA

Ap: genomic DNA

Aq: genomic DNA

Ar: genomic DNA

As: genomic DNA

At: genomic DNA

Au: genomic DNA

Av: genomic DNA

Aw: genomic DNA

Ax: genomic DNA

Ay: genomic DNA

Az: genomic DNA

A1: genomic DNA

A2: genomic DNA

A3: genomic DNA

A4: genomic DNA

A5: genomic DNA

A6: genomic DNA

A7: genomic DNA

A8: genomic DNA

1.78 MDa, 120 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... Capsid protein 分子量: 26880.529 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス) 株: isolate Nigeria / 遺伝子: V1 発現宿主: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 参照: UniProt: P06448
#2: タンパク質・ペプチド	... genomic DNA 分子量: 2755.787 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Maize streak virus - [Nigeria] / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Zea mays
緩衝液	pH: 4
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: Leginon / カテゴリ: 画像取得

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43111 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.008	114120
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.743	157320
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.482	84960
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	17160
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	18360

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)