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万見
- PDB-8ugq: CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ugq
タイトルCryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus
要素
  • Capsid protein
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / Plant / ssDNA / Icosahedron / capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus MSV 27Kd coat protein / Geminivirus AR1/BR1 coat protein / Geminivirus coat protein/nuclear export factor BR1 family / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Maize streak virus genotype A
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者McKenna, R. / Bennett, A.B. / Mietzsch, M. / Hull, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF DMS 1563234 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The two states of Maize Streak Virus (MSV) Geminivirus Architecture
著者: McKenna, R. / Bennett, A.B. / Mietzsch, M. / Hull, J.A.
履歴
登録2023年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
L: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
B: Capsid protein
M: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
C: Capsid protein
N: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
D: Capsid protein
O: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
E: Capsid protein
P: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
F: Capsid protein
Q: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
G: Capsid protein
R: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
H: Capsid protein
S: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
I: Capsid protein
T: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
J: Capsid protein
U: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
K: Capsid protein
V: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,05322
ポリマ－325,05322
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Coat protein / CP


分子量: 26880.529 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
株: isolate Nigeria / 遺伝子: V1
発現宿主: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
参照: UniProt: P06448
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 2669.778 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
株: isolate Nigeria
発現宿主: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Maize streak virus - [Nigeria] / タイプ: VIRUS
詳細: Gemini capsid is a Pseudo T=1 icosahedron. The structure contains both protein and ssDNA.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
株: isolate Nigeria
由来(組換発現)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Zea mays
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 4
緩衝液成分濃度: 0.1 M / 名称: Sodium acetate / 式: NaAc
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3627 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 947 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
実像数: 1408

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
7Cootモデルフィッティング
12cisTEM３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1408 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009209930
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.977289240
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.451156830
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0531570
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00633800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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