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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uee | |||||||||
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タイトル | Atomic structure of Salmonella SipA/F-actin complex by cryo-EM | |||||||||
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![]() | CELL INVASION / actin / Salmonella / type III secretion system / SipA | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / actin binding / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Niedzialkowska, E. / Runyan, L. / Kudryashova, E. / Kudryashov, D.S. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stabilization of F-actin by Salmonella effector SipA resembles the structural effects of inorganic phosphate and phalloidin. 著者: Ewa Niedzialkowska / Lucas A Runyan / Elena Kudryashova / Edward H Egelman / Dmitri S Kudryashov / ![]() 要旨: Entry of Salmonella into host enterocytes relies on its pathogenicity island 1 effector SipA. We found that SipA binds to F-actin in a 1:2 stoichiometry with sub-nanomolar affinity. A cryo-EM ...Entry of Salmonella into host enterocytes relies on its pathogenicity island 1 effector SipA. We found that SipA binds to F-actin in a 1:2 stoichiometry with sub-nanomolar affinity. A cryo-EM reconstruction revealed that SipA's globular core binds at the groove between actin strands, whereas the extended C-terminal arm penetrates deeply into the inter-strand space, stabilizing F-actin from within. The unusually strong binding of SipA is achieved by a combination of fast association via the core and very slow dissociation dictated by the arm. Similar to P, BeF, and phalloidin, SipA potently inhibited actin depolymerization by actin depolymerizing factor (ADF)/cofilin, which correlated with increased filament stiffness, supporting the hypothesis that F-actin's mechanical properties contribute to the recognition of its nucleotide state by protein partners. The remarkably strong binding to F-actin maximizes the toxin's effects at the injection site while minimizing global influence on the cytoskeleton and preventing pathogen detection by the host cell. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 522.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 141.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 42161MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 11分子 FHIJKLMBCDA
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28413.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sipA, sspA, STM2882 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 22分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: Buffer composition: 25 mM TRIS-H-Cl pH 8.0 2 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 25 mM / 名称: TRIS / 式: TRIS-HCl | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 291 K 詳細: 3 uL of sample was applied on Lacey grid, then sample was blotted for 3 seconds and plunge-froze in liquid ethane |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5.58 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12452 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 53.656 ° / 軸方向距離/サブユニット: 112.075 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1548993 詳細: Reconstruction algorithm: helical refinement and non-uniform refinement in cryoSPARC that is similar to IHRSR algorithm 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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