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- PDB-8uc3: Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uc3
タイトルCryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
要素
  • Albonoursin synthase
  • Protein AlbB
キーワードOXIDOREDUCTASE / cyclodipeptide oxidase / cyclic dipeptide oxidase / nitroreductase-like / enzyme filament / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


albonoursin synthase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF6092 / Family of unknown function (DUF6092) / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Protein AlbB / Albonoursin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Andreas, M.P. / Giessen, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclodipeptide oxidase is an enzyme filament.
著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the ...Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the structural characterization of the Streptomyces noursei enzyme AlbAB, a cyclodipeptide oxidase (CDO) carrying out α,β-dehydrogenations during the biosynthesis of the antibiotic albonoursin. We show that AlbAB is a megadalton heterooligomeric enzyme filament containing covalently bound flavin mononucleotide cofactors. We highlight that AlbAB filaments consist of alternating dimers of AlbA and AlbB and that enzyme activity is crucially dependent on filament formation. We show that AlbA-AlbB interactions are highly conserved suggesting that other CDO-like enzymes are likely enzyme filaments. As CDOs have been employed in the structural diversification of cyclic dipeptides, our results will be useful for future applications of CDOs in biocatalysis and chemoenzymatic synthesis.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albonoursin synthase
D: Protein AlbB
C: Protein AlbB
B: Albonoursin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2226
ポリマ－65,3094
非ポリマー9132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Albonoursin synthase


分子量: 21071.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
遺伝子: albA
発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株 (発現宿主): John Innes Centre M145 / 参照: UniProt: Q8GED9
#2: タンパク質 Protein AlbB


分子量: 11583.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
遺伝子: albB
発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株 (発現宿主): John Innes Centre M145 / 参照: UniProt: Q8GED8
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) / 株: John Innes Centre M145
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaCl, 150 mM Tris pH 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTrisC4H11NO31
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grid was glow discharged for 60 seconds at 5 mA under vacuum
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Grid was plunge frozen into liquid ethane using the following parameters: blot force- 5, blot time 2 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.03063 sec. / 電子線照射量: 50.12 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3015
画像スキャン横: 4092 / 縦: 5760

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
14Coot0.9.8.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 119.969 ° / 軸方向距離/サブユニット: 46.063 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 1202923
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 795765
詳細: Final reconstruction was generated by a masked local refinement of the helically refined map. The mask encompassed one dimer of AlbA and two surrounding dimers of AlbB.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 107.4 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0. ...詳細: A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0.9.8.1 and real-space refinement in Phenix v 1.20.1-4487.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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