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万見
- PDB-8u75: R399A mutant of sea urchin SLC9C1 at pH 6 in Na+ - Compressed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u75
タイトルR399A mutant of sea urchin SLC9C1 at pH 6 in Na+ - Compressed state
要素Sperm-specific sodium proton exchanger
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion transporter / SLC9 / voltage-sensor / cAMP regulated / sperm capacitation
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm head / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / sperm flagellum / single fertilization / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / regulation of intracellular pH ...sperm head / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / sperm flagellum / single fertilization / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / regulation of intracellular pH / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Voltage-dependent channel domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POV / Sperm-specific sodium:proton exchanger
類似検索 - 構成要素
生物種Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chowdhury, S. / Pal, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM145719 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: R399A mutant of sea urchin SLC9C1 at pH 6 in presence of Na+ - Compressed Form
著者: Chowdhury, S. / Pal, K.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm-specific sodium proton exchanger
B: Sperm-specific sodium proton exchanger
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,4989
ポリマ－293,3012
非ポリマー7,1977
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sperm-specific sodium proton exchanger


分子量: 146650.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3RL54
#2: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: R399A mutant of sea urchin SLC9C1 at pH 6 in Na+ - Compressed form
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1118938 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00414995
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64420386
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.482265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442493
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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