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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u6y | ||||||
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タイトル | Preholo-Proteasome from Beta 3 D205 deletion | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Proteasome / core particle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Walsh Jr., R.M. / Rawson, S. / Velez, B. / Blickling, M. / Razi, A. / Hanna, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Mechanism of autocatalytic activation during proteasome assembly. 著者: Benjamin Velez / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Aida Razi / Lea Adams / Erignacio Fermin Perez / Fenglong Jiao / Marie Blickling / Tamayanthi Rajakumar / Darlene Fung / Lan Huang / John Hanna / 要旨: Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the ...Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the proteasome, where protein degradation occurs, its six active sites are simultaneously activated via cleavage of N-terminal propeptides. Such activation is autocatalytic and coupled to fusion of two half-CP intermediates, which protects cells by preventing activation until enclosure of the active sites within the CP interior. Here we uncover key mechanistic aspects of autocatalytic activation, which proceeds through alignment of the β5 and β2 catalytic triad residues, respectively, with these triads being misaligned before fusion. This mechanism contrasts with most other zymogens, in which catalytic centers are preformed. Our data also clarify the mechanism by which individual subunits can be added in a precise, temporally ordered manner. This work informs two decades-old mysteries in the proteasome field, with broader implications for protease biology and multisubunit complex assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u6y.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u6y.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8u6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u6y_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u6y_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u6y_validation.xml.gz | 167.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u6y_validation.cif.gz | 265 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/8u6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41963MC 8u7uC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 ARBSCTDUEVFWGX
#1: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 27181.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638 #4: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 3種, 6分子 HYOfPg
#8: タンパク質 | 分子量: 16777.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38293 #15: タンパク質 | 分子量: 30718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05778 #16: タンパク質 | 分子量: 30762.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36040 |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 IZJaKbLcMdNeQh
#9: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22512.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451 #11: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #17: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Preholo-proteasome from Beta 3 D205 deletion mutant / タイプ: COMPLEX 詳細: D205 is terminal most residue in the Beta 3 subunit. The deletion of this residue causes an accumulation of assembly intermediates including the Preholo-Proteasome Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.75 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Fluorinated Fos-Choline was added immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 47169 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.995 sec. / 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7461 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1146597 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19020 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8T08 Accession code: 8T08 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |