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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u58 | ||||||||||||
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タイトル | The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) with tryptophan | ||||||||||||
要素 | Integral membrane protein GPR155 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / PIN-FORMED / GPCR / Cholesterol / auxin / transporter / cell-growth / mTORC1 / cancer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to cholesterol / cholesterol binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / cognition / transmembrane transport / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bayly-Jones, C. / Lupton, C.J. / Ellisdon, A.M. | ||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of GPR155 著者: Bayly-Jones, C. / Lupton, C.J. / Chang, Y.G. / Keen, A.C. / Jones, G.D. / Venugopal, H. / Halls, M.L. / Ellisdon, A.M. #1: ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Lysosomal GPCR-like protein LYCHOS signals cholesterol sufficiency to mTORC1. 著者: Hijai R Shin / Y Rose Citron / Lei Wang / Laura Tribouillard / Claire S Goul / Robin Stipp / Yusuke Sugasawa / Aakriti Jain / Nolwenn Samson / Chun-Yan Lim / Oliver B Davis / David Castaneda- ...著者: Hijai R Shin / Y Rose Citron / Lei Wang / Laura Tribouillard / Claire S Goul / Robin Stipp / Yusuke Sugasawa / Aakriti Jain / Nolwenn Samson / Chun-Yan Lim / Oliver B Davis / David Castaneda-Carpio / Mingxing Qian / Daniel K Nomura / Rushika M Perera / Eunyong Park / Douglas F Covey / Mathieu Laplante / Alex S Evers / Roberto Zoncu / 要旨: Lysosomes coordinate cellular metabolism and growth upon sensing of essential nutrients, including cholesterol. Through bioinformatic analysis of lysosomal proteomes, we identified lysosomal ...Lysosomes coordinate cellular metabolism and growth upon sensing of essential nutrients, including cholesterol. Through bioinformatic analysis of lysosomal proteomes, we identified lysosomal cholesterol signaling (LYCHOS, previously annotated as G protein-coupled receptor 155), a multidomain transmembrane protein that enables cholesterol-dependent activation of the master growth regulator, the protein kinase mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1). Cholesterol bound to the amino-terminal permease-like region of LYCHOS, and mutating this site impaired mTORC1 activation. At high cholesterol concentrations, LYCHOS bound to the GATOR1 complex, a guanosine triphosphatase (GTPase)-activating protein for the Rag GTPases, through a conserved cytoplasm-facing loop. By sequestering GATOR1, LYCHOS promotes cholesterol- and Rag-dependent recruitment of mTORC1 to lysosomes. Thus, LYCHOS functions in a lysosomal pathway for cholesterol sensing and couples cholesterol concentrations to mTORC1-dependent anabolic signaling. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u58.cif.gz | 234.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u58.ent.gz | 181.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u58_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u58_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u58_validation.xml.gz | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u58_validation.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u58 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41914MC 8u54C 8u56C 8u5cC 8u5nC 8u5qC 8u5vC 8u5xC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99276.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR155 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3F1 #2: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homodimeric complex of LYCHOS (GPR155) / タイプ: COMPLEX / 詳細: Incubated with 10 mM Tryptophan / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.198 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pcDNA3.1 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Incubated with 10 mM Tryptophan |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 8204 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2293740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186146 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: Q7Z3F1 詳細: A dimeric assembly was predicted with AlphaFold and then rigid body fit into the map. Subsequent refinements were performed in ISOLDE. Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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