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- PDB-8u53: Mechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u53
タイトルMechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs
要素CSC1-like protein ERD4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mechanically activated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmodesma / plant-type vacuole / calcium-activated cation channel activity / chloroplast envelope / mRNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82T / Chem-CPL / PALMITIC ACID / CSC1-like protein ERD4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jojoa-Cruz, S. / Lee, W.H. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143297 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Adrienne E Dubin / Wen-Hsin Lee / Andrew B Ward /
要旨: The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the ...The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the potential involvement of several structural elements in sensing membrane tension (Jojoa-Cruz et al., 2018). Interestingly, while OSCA1, 2, and 3 clades are activated by membrane stretch in cell-attached patches (i.e. they are stretch-activated channels), they differ in their ability to transduce membrane deformation induced by a blunt probe (poking). Here, in an effort to understand the domains contributing to mechanical signal transduction, we used cryo-electron microscopy to solve the structure of (At) OSCA3.1, which, unlike AtOSCA1.2, only produced stretch- but not poke-activated currents in our initial characterization (Murthy et al., 2018). Mutagenesis and electrophysiological assessment of conserved and divergent putative mechanosensitive features of OSCA1.2 reveal a selective disruption of the macroscopic currents elicited by poking without considerable effects on stretch-activated currents (SAC). Our results support the involvement of the amphipathic helix and lipid-interacting residues in the membrane fenestration in the response to poking. Our findings position these two structural elements as potential sources of functional diversity within the family.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSC1-like protein ERD4
B: CSC1-like protein ERD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,36626
ポリマ－163,7582
非ポリマー7,60824
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CSC1-like protein ERD4 / OSCA3.1


分子量: 81878.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last 10 residues (GTGTLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ERD4 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C8G5
#2: 化合物 ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 758.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-82T / [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate / ステアロイルリソホスファチジルエタノ-ルアミン


分子量: 481.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H48NO7P
#4: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Residues that could not be identified in the map are represented as UNK. The actual sequence of the ...Residues that could not be identified in the map are represented as UNK. The actual sequence of the protein construct is: MEFGSFLVSLGTSFVIFVILMLLFTWLSRKSGNAPIYYPNRILKGLEPWEGTSLTRNPFA WMREALTSSEQDVVNLSGVDTAVHFVFLSTVLGIFACSSLLLLPTLLPLAATDNNIKNTK NATDTTSKGTFSQLDNLSMANITKKSSRLWAFLGAVYWISLVTYFFLWKAYKHVSSLRAQ ALMSADVKPEQFAILVRDMPAPPDGQTQKEFIDSYFREIYPETFYRSLVATENSKVNKIW EKLEGYKKKLARAEAILAATNNRPTNKTGFCGLVGKQVDSIEYYTELINESVAKLETEQK AVLAEKQQTAAVVFFTTRVAAASAAQSLHCQMVDKWTVTEAPEPRQLLWQNLNIKLFSRI IRQYFIYFFVAVTILFYMIPIAFVSAITTLKNLQRIIPFIKPVVEITAIRTVLESFLPQI ALIVFLAMLPKLLLFLSKAEGIPSQSHAIRAASGKYFYFSVFNVFIGVTLAGTLFNTVKD IAKNPKLDMIINLLATSLPKSATFFLTYVALKFFIGYGLELSRIIPLIIFHLKKKYLCKT EAEVKEAWYPGDLSYATRVPGDMLILTITFCYSVIAPLILIFGITYFGLGWLVLRNQALK VYVPSYESYGRMWPHIHQRILAALFLFQVVMFGYLGAKTFFYTALVIPLIITSLIFGYVC RQKFYGGFEHTALEVACRELKQSPDLEEIFRAYIPHSLSSHKPEEHEFKGAMSRYQDFNA IAGVGTGTLEVLFQ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: OSCA3.1 dimer in nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.164 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pcDNA3.1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMNaCl1
225 mMTris HCl1
31 mMDTT1
試料濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8375
詳細: Only micrographs with a CTF estimate of 2.6A or better were used for processing
画像スキャン動画フレーム数/画像: 38 / 利用したフレーム数/画像: 1-38

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2粒子像選択
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
15Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1913316
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197944 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: 6MGV / Source name: SwissModel / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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