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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u3e | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Apo Sialin at pH5.0 | ||||||||||||
要素 | Sialin | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sialic acid:proton symporter activity / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / sialic acid transport / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport ...sialic acid:proton symporter activity / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / sialic acid transport / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport / monoatomic ion transport / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schmiege, P. / Li, X. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Apo Sialin at pH5.0 著者: Schmiege, P. / Li, X. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u3e.cif.gz | 85 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u3e.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u3e_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u3e_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u3e_validation.xml.gz | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u3e_validation.cif.gz | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41859MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55681.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC17A5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRA2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of Apo Sialin at pH5.0 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135283 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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