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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u1q | ||||||
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タイトル | A mechanistic understanding of protective influenza B neuraminidase mAbs at the airway interface | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Neuraminidase Sialidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | ||||||
![]() | Ferguson, J.A. / Oeverdieck, S. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A mechanistic understanding of protective influenza B neuraminidase mAbs at the airway interface 著者: Ferguson, J.A. / Oeverdieck, S. / Ward, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41824MC ![]() 8u1cC ![]() 8u1sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C4 (4回回転対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51104.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): D2 / 参照: UniProt: A0A1S7DL21 |
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#2: 抗体 | 分子量: 13139.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 11627.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human mAb-fv domain bound to influenza B neuraminidase, from a public database. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 倍率(補正後): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Calibrated defocus min: 2000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 50.43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2559 |
画像スキャン | 横: 4048 / 縦: 4048 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335369 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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