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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u0u | |||||||||
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タイトル | DdmD dimer in complex with ssDNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/DNA / DdmD / helicase / nuclease / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Bravo, J.P.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Plasmid targeting and destruction by the DdmDE bacterial defence system. 著者: Jack P K Bravo / Delisa A Ramos / Rodrigo Fregoso Ocampo / Caiden Ingram / David W Taylor / 要旨: Although eukaryotic Argonautes have a pivotal role in post-transcriptional gene regulation through nucleic acid cleavage, some short prokaryotic Argonaute variants (pAgos) rely on auxiliary nuclease ...Although eukaryotic Argonautes have a pivotal role in post-transcriptional gene regulation through nucleic acid cleavage, some short prokaryotic Argonaute variants (pAgos) rely on auxiliary nuclease factors for efficient foreign DNA degradation. Here we reveal the activation pathway of the DNA defence module DdmDE system, which rapidly eliminates small, multicopy plasmids from the Vibrio cholerae seventh pandemic strain (7PET). Through a combination of cryo-electron microscopy, biochemistry and in vivo plasmid clearance assays, we demonstrate that DdmE is a catalytically inactive, DNA-guided, DNA-targeting pAgo with a distinctive insertion domain. We observe that the helicase-nuclease DdmD transitions from an autoinhibited, dimeric complex to a monomeric state upon loading of single-stranded DNA targets. Furthermore, the complete structure of the DdmDE-guide-target handover complex provides a comprehensive view into how DNA recognition triggers processive plasmid destruction. Our work establishes a mechanistic foundation for how pAgos utilize ancillary factors to achieve plasmid clearance, and provides insights into anti-plasmid immunity in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u0u.cif.gz | 412.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u0u.ent.gz | 333.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u0u_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u0u_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u0u_validation.xml.gz | 73.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u0u_validation.cif.gz | 108.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41785MC 8u0jC 8u0wC 8u3kC 9bqvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136145.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ERS013206_03454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9TSM3 #2: DNA鎖 | 分子量: 3310.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299440 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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